La hêtraie d'Iraty correspond à l'association du Saxifrago hirsutae - Fagetum sylvaticae comme la très grande majorité des hêtraies du Pays basque. Elle présente toutefois une grande variabilité sectorielle selon le niveau trophique ou l'humidité du sol. On retrouve notamment certaines variantes exposées dans le cahier d'habitat du Muséum :
- variante très acidiphile à Myrtille ;
- variante acidiphile à Canche flexueuse ;
- variantes mésoacidiphiles avec Oxalide petite oseille (Oxalis acetosella) et Luzule des bois (Luzula sylvatica) ;
- variante sur sols un peu engorgés avec fougères hygrophiles comme Oreopteris limbosperma.