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Les rives de l'estuaire de la Gironde constituent des zones d'intérêt écologique particulier (par rapport à la zone aquatique) du fait de la présence des vasières (biotope d'alimentation pour les limicoles) et de la formation du schorre (accueil d'un faune diversifiée et développement de plantes rares). En dehors des rives des îles, c'est là que l'on observe le plus fréquemment deux plantes endémiques : Angelica heterocarpa et Oenanthe foucaudi.
Cette ZNIEFF correspond à un tronçon de l'estuaire où plusieurs plantes rares et parfois menacées se développent. Il s'agit d'Oenanthe foucaudi, de Centaurium spicatum et surtout d'Oenanthe silaifolia, plante devenue très rare en Aquitaine et qui ne serait plus présente qu'en Gironde.
Ces espèces sont essentiellement menacées par les travaux d'entretien et de modification des digues, visant à protéger les terres des crues de la Gironde.
Globalement, la ZNIEFF inclut le haut-slikke (vasières régulièrement exondées) et le schorre, ainsi que quelques prairies saumâtres. La limite orientale correspond donc toujours à la digue la plus élevée (la digue intermédiaire étant submersible lors des forts coefficients de marée). La limite occidentale a été calée sur la cote 0 m NGF.
Au nord, la ZNIEFF s'arrête avant le port de Vitrezay (secteur en cours de réaménagement dont l'état ne peut pas être déterminé à court terme) et au sud, la limite s'arrête au port de l'Étoile. Au sud de cette limite, les terrain sont plus perturbés et la zone de schorre se réduite rapidement, la digue se confondant rapidement avec la rive de l'estuaire.
