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Cette ZNIEFF de type I a été créée en priorité pour identifier le secteur de développement et de conservation de la mégaphorbiaie à angélique des estuaires, cette plante étant une endémique des estuaires de la façade atlantique (estuaires de la Loire, de la Charente, de la Gironde, de l'Adour et de la Nivelle). Sa présence et son maintient sont liées au balancement des marées d'où sa répartition limitée à la zone de marée dynamique sur les cours d'eau, dont l'Adour.
L'Adour constitue également un corridor écologique, notamment pour les poissons amphihalins, mais peu d'entre eux s'y reproduisent.
En revanche, la lamproie marine se reproduit sur le Luy, de même que la grande mulette (Margaritifera auricularia), moule d'eau douce devenue très rare et considérée comme en danger critique d'extinction par l'UICN. C'est pourquoi ce tronçon du Luy, affluent de l'Adour, à été intégré à cette ZNIEFF qui comprend des tronçons de cours d'eau présentant des enjeux patrimoniaux majeurs.
La ZNIEFF est en deux parties.
Le Luy, du gué du Courant à sa confluence avec l'Adour, en raison de la présence d'espèces aquatiques d'intérêt patrimonial élevé (mollusques, cyclostomes).
La portion de l'Adour entre la confluence du Luy et la commune de Saubusse, n'est pas intégrée à la ZNIEFF de type I en raison d'une qualité des eaux passable et de l'absence de mégaphorbiaie à angélique des estuaires sur la berges.
Sur l'Adour, la limite amont de la ZNIEFF de type I correspond donc à la limite de présence de l'angélique des estuaires.
La limite aval correspond à l'apparition de la zone portuaire où les berges sont presque totalement aménagées.
Les limites latérales intègrent le lit mineur et les berges de l'Adour, ainsi que quelques zones humides rivulaires inondées annuellement.
