Le massif de l’Arbas réunit un vaste territoire (27 000 ha), de l’étage collinéen à l’étage montagnard du piémont pyrénéen central , situé sur les départements de la Haute-Garonne et de l’Ariège. Cette ZNIEFF de type 2 inclut 6 ZNIEFF de type 1. Il s’agit des premiers reliefs majeurs localisés au sud du fleuve de la Garonne et au sud-ouest de la rivière du Salat. Dans la partie méridionale, le paysage est marqué par une longue ligne de crêtes qui se dresse soudainement en reliant, d’ouest en est, le pic de la Paloumère (1 602 m), le Tuc de Tucol, Cornudère, le Tuc aux Pentières, ainsi que le sommet du Castel Ségui (1 228 m). Ce territoire de collines et de montagnes est limité à l’ouest par la haute vallée du Ger, et à l’est par le cours inférieur du Lez, puis par la vallée du Salat. 60 % des surfaces de ce territoire sont forestières, comme notamment les grands massifs forestiers (bois d’Herran, forêts domaniales de Saleich, de Portet-d’Aspet, de Bellongue...) qui recouvrent les fortes pentes à l’étage montagnard. Ceux-ci sont principalement constitués de hêtraies, même si d’autres peuplements apparaissent localement : des tillaies sur des pentes instables, des sapinières, un petit bois de pins à crochets de Paloumère, un bois d’ifs du Pas-de-l’Ane... Aux altitudes inférieures, de nombreux bois formés le plus souvent par la chênaie, des bosquets et un réseau de haies partiellement conservé jouent un rôle important de corridor écologique pour les espèces. Notons également, sur des sols peu profonds liés aux affleurements calcaires, la présence de bois occidentaux de chênes pubescents. Ce territoire se caractérise aussi par un paysage karstique avec une grande diversité d’habitats rocheux et de milieux associés qui hébergent une faune et une flore calcicole spécifiques. On y trouve des rochers et des falaises imposants (Pène Nère, Pène Blanque...), des secteurs escarpés difficiles d’accès (vallon de Planque, coume de Ouarnède, secteur du gouffre de la Henne Morte...), ainsi que des milieux secs et thermophiles (stations sèches de Francazal et de Salège, milieux secs de la soulane de Balarquères...). Des éboulis, des dalles à orpins, des pelouses basophiles, des concrétions calcaires dont un magnifique cône de tuf, ainsi que des landes à genévriers ou des manteaux pré-forestiers dominés par les buis correspondent à des habitats calcicoles à fort enjeu. Ce milieu karstique abrite également plusieurs réseaux souterrains exceptionnels de renommée internationale, comme le réseau Félix Trombe - Henne Morte à l’ouest, et de nombreux gouffres, cavités et galeries à l’est, sous le massif de l’Estélas, ainsi qu’à Francazal et Saleich... L’élevage est la principale activité humaine, avec des secteurs d’estive localisés sur les pelouses des crêtes et des principaux sommets, ainsi qu’un bel ensemble de milieux agropastoraux sur calcaires en soulane de Balarguères. En outre, à proximité des villages, dans les bassins et les petites vallées de l’étage collinéen, les parcelles agricoles sont le plus souvent gérées par le pâturage même si des cultures, dont celle du maïs, apparaissent localement (bassin de Saleich, secteur de Chein-Dessus, Montgauch, Montégut-de-Couserans...). Enfin, le réseau hydrographique est diversifié. Les principales rivières sont le Ger, la Bouigane, l’Arbas ainsi que leurs principaux affluents. Les mouillères, les bas-marais ainsi que les sources occupent des surfaces modestes. Ces milieux humides sont rares et abritent des espèces menacées et patrimoniales.
Avec une grande diversité en biotopes, cette ZNIEFF de type 2 possède de forts enjeux écologiques, faunistiques et floristiques. On y observe à la fois des espèces montagnardes, des espèces thermophiles à affinités méditerranéennes, ainsi que des taxons de chorologie atlantique qui arrivent ici en limite d’aire de répartition. Par ailleurs, la biodiversité de ces reliefs karstiques comporte un fort taux d’endémisme. Avec plusieurs dizaines de phanérogames et bryophytes déterminantes, la flore y est remarquable. Dans les milieux thermophiles (pelouses basophiles, dalles rocheuses, landes à genévriers, hêtraies basophiles ou lisières de la chênaie pubescente...) croissent de nombreuses plantes calcicoles patrimoniales : l’Orchis parfumé (Orchis coriophora subsp. fragrans), protégé en France, l’Ophrys jaune (Ophrys lutea), le Vélar des Pyrénées (Erysimum seipkae), le Nerprun des teinturiers (Rhamnus saxatilis subsp. infectoria), une espèce rare en Midi-Pyrénées, la Scille d’automne (Scilla autumnalis), la Germandrée botryde (Teucrium botrys), l’Anthéricum ramifié (Anthericum ramosum), la Céphalanthère rouge (Cephalanthera rubra) et le Limodore à feuilles avortées (Limodorum abortivum), deux orchidées rares, etc. La Scrofulaire des Pyrénées (Scrophularia pyrenaica), protégée en France, la Déthawie à feuilles fines (Dethawia splendens), le Buplèvre à feuilles anguleuses (Bupleurum angulosum), la Potentille à feuilles d’alchémille (Potentilla alchemilloides subsp. alchemilloides), l’Ancolie des Pyrénées (Aquilegia pyrenaica), ainsi que la Saxifrage de Burser (Saxifraga aretioides) se développent sur des rochers et des falaises calcaires. Ce site accueille aussi une flore montagnarde, qui comprend plusieurs plantes rares et protégées à l’échelle nationale ou régionale telles que l’Épipogon sans feuilles (Epipogium aphyllum) et la Listère en cœur (Listera cordata), deux orchidées, le Cystoptéris des montagnes (Cystopteris montana), une fougère, ainsi que le Cérinthe des Pyrénées (Cerinthe glabra subsp. pyrenaica). Signalons également, parmi les espèces végétales caractéristiques des milieux humides, d’autres taxons peu communs ou protégés dont la présence est très localisée sur ce site : le Troscart des marais (Triglochin palustre), protégé en Midi-Pyrénées, l’Épipactis des marais (Epipactis palustris), le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), protégé en France, la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe)... Les bas-marais, peu fréquents sur ce site, ainsi que les forêts montagnardes sont favorables aux mousses, avec 9 bryophytes déterminantes recensées. En outre, un fort enjeu concerne la fonge avec de nombreux champignons déterminants inventoriés. La faune est également remarquable avec des dizaines d’animaux déterminants observés répartis dans tous les types de milieux (aquatiques, forestiers, rocheux, ainsi que les pelouses et les landes montagnardes). Le Desman des Pyrénées, un mammifère endémique des Pyrénées, ainsi que l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) vivent dans certains cours d’eau de ce territoire. En outre, l’Euprocte, profitant des eaux de résurgences froides et limpides, est présent à 600 m d’altitude. Cet urodèle endémique, qui est plutôt caractéristique des torrents d’altitude, forme ici des populations parmi les plus basses connues en Midi-Pyrénées. Notons également la présence d’une libellule rare, le Cordulégastre bidenté (Cordulegaster bidentata), qui se reproduit dans une source pétrifiante intraforestière, ainsi que celle de Vertigo moulinsiana, un minuscule mollusque menacé à l’échelle européenne, qui réalise son cycle à proximité de zones humides calcaires. Parmi les eaux souterraines et plus largement les cavités, les grottes et les galeries sous terre, on rencontre également un grand nombre d’êtres vivants remarquables dont certains ne sont connus que sur ce massif de l’Arbas. Ainsi, parmi les espèces d’invertébrés déterminantes, dont plusieurs sont cavernicoles, on recense 33 crustacés, 10 collemboles, 3 arachnides, 7 mollusques dont Moitessieria simoniana, protégé au niveau national, ainsi que plusieurs coléoptères dont 6 taxons protégés en France et appartenant au genre Aphaenops.
La ZNIEFF est d´une importance particulière pour les chauves-souris. 11 espèces protégées en France et relevant de la directive « Habitats » y ont été recensées dont le Minioptère de Schreibers, le Rhinolophe euryale et le Grand Rhinolophe. Les milieux karstiques, y compris ceux de l’étage collinéen, et les paysages agropastoraux qui comportent d’anciennes granges et des cabanes, sont très favorables à ces petits mammifères menacés. Le Chocard à bec jaune (Pyrrhocorax graculus), un petit corvidé, se reproduit à proximité des gouffres. Les rochers et les falaises permettent également la nidification d’un bon nombre de rapaces attachés à ce type de milieu comme le Faucon pèlerin (Falco peregrinus), le Grand-duc d’Europe (Bubo bubo) ainsi que le Vautour Percnoptère (Neophron percnopterus). Pour ce dernier, qui est un oiseau vulnérable régionalement, les Pyrénées accueillent une cinquantaine de couples reproducteurs. Cette population pyrénéenne est stable, voire en légère augmentation. Elle demeure néanmoins très fragile et justifie une attention soutenue. L’Isard utilise ce site en hivernage et pendant la période de reproduction. La richesse en insectes est également grande pour les milieux calcaires ou thermophiles avec entre autres la Bacchante (Lopinga achine) et l’Azuré du serpolet (Maculinea arion), deux papillons protégés en France et, parmi les orthoptères déterminants, l’Éphippigère gasconne (Platystolus monticolus), une sauterelle endémique des Pyrénées centrales, ainsi que le Barbitiste ventru (Polysarcus denticauda). En Haute-Garonne, cette sauterelle rare a été répertoriée dans le cadre de la modernisation des ZNIEFF uniquement ici. Les estives et la hêtraie-sapinière accueillent deux galliformes : la Perdrix grise de montagne (Perdix perdix hispanicus) et le Grand Tétras, un oiseau emblématique des forêts montagnardes, qui se trouve ici en limite nord de son aire de répartition pyrénéenne. Les effectifs de cette dernière espèce ne cessent de régresser sur l’ensemble de la chaîne des Pyrénées. Pour la petite population du massif de l’Arbas, on note également une évolution défavorable de son habitat (fermeture de la hêtraie, pénétration humaine forte). Les zones de pâturage d’altitude accueillent d’autres animaux à affinités montagnardes, parmi lesquels on peut citer la Decticelle des Pyrénées (Metrioptera buyssoni), une sauterelle orophyte et endémique des Pyrénées centrales, et la sous-espèce pyrénéenne du Semi-apollon (Parnassius mnemosyne vernetanus). À l’étage collinéen, d’autres enjeux ont été répertoriés. Le Putois (Mustela putorius) et l’Hermine (Mustela erminea) ont été observés le long de petites vallées du piémont situées à basses altitudes. Ces petites vallées, comprenant des prairies de fauche, des pâtures, un réseau de haies partiellement conservé, ainsi que des bosquets et des petits bois, jouent un rôle important de corridor écologique pour la faune. Le Milan royal (Milvus milvus), un rapace protégé et en déclin en France, affectionne particulièrement ces zones de bocage. Notons également la présence d’une colonie de Guêpier d’Europe (Merops apiaster), un oiseau rare bien que ses populations soient en progression ces dernières années en Midi-Pyrénées, qui s’est installé récemment dans le nord-est de ce site. Par ailleurs, la Decticelle aquitaine (Zeuneriana abbreviata), une sauterelle endémique pyrénéo-cantabrique, arrive ici en limite ouest de son aire de répartition. Elle vit le plus souvent dans des prairies à hautes herbes situées à proximité des cours d’eau. Une prospection plus ciblée dans ces zones bocagères de basses altitudes permettrait probablement de mettre à jour d’autres enjeux.
Ce territoire de montagnes et de collines joue un rôle important en matière de réservoir biologique. La préservation de biotopes variés, dont certains, à l’étage montagnard, sont difficiles d’accès, ce qui implique un impact limité des activités humaines, induit une bonne qualité de l’eau en amont des principaux cours d’eau et au niveau des aquifères. Cela permet aussi à de nombreux animaux et plantes patrimoniaux de trouver des conditions favorables à leur développement. Parmi ceux-ci, un grand nombre de taxons sont ici en limite de leur aire de répartition. En outre, on relève un taux d’endémisme élevé pour ces reliefs calcaires et les réseaux souterrains du karst. La zone de bocage accueille d’autres espèces remarquables. Elle joue un rôle fonctionnel important en tant que corridor écologique, servant de zone de passage et d’échange pour les populations animales.
Le massif de l’Arbas correspond aux premiers reliefs majeurs localisés au sud du fleuve de la Garonne et au sud-ouest de la rivière du Salat. Cette ZNIEFF de type 2 inclut 6 ZNIEFF de type 1. Ce territoire de collines et de montagnes est majoritairement forestier. Il est également caractérisé par de nombreux affleurements calcaires, ainsi que par des milieux secs et thermophiles situés plutôt dans la partie orientale. Il est limité à l’ouest par la haute vallée du Ger, et à l’est par le cours inférieur du Lez, puis par la vallée du Salat. Au sud, son contour passe par le col du Portet-d’Aspet, et suit la vallée de la Bouigane. Quant à sa limite septentrionale, elle relie les premiers massifs forestiers conséquents dans ce territoire de collines : mont Pourret, bois de Thouas, secteurs boisés au nord de Saleich ou au nord-ouest de Montgauch. Les ruisseaux de l’Arbas et du Rossignol font l’objet d’autres ZNIEFF. Les bassins de Saleich et Montgauch ainsi que d’autres vallons, bien que plus anthropisés, sont inclus dans le périmètre car ils hébergent également des enjeux naturels.