L’étang de Mousquey est situé dans la région du bas Armagnac à l’extrême ouest du département du Gers. Sous influence océanique, cette région bénéficie d’une pluviométrie plus importante et d’un climat plus doux que le reste du département.
Retenue collinaire de 7 ha environ, entourée de milieux forestiers variés (forêt de feuillus, plantation de résineux, de peupliers, fourrés, etc.) et de quelques parcelles agricoles, cette ZNIEFF présente des intérêts multiples pour la faune sauvage.
Ce site appartient au réseau d’étangs du bas Armagnac, qui abrite les plus fortes densités de Cistude d'Europe (Emys orbicularis) en Midi-Pyrénées. Elle est bien représentée sur ce site et s'y reproduit.
Les zones marécageuses et boisées situées en queue d’étang offrent par ailleurs des sites de reproduction à un cortège d’amphibiens qui comprend le Crapaud accoucheur, la Grenouille agile, la Rainette méridionale et la Salamandre tachetée.
L’avifaune recensée sur ce site ne compte pas d’espèces déterminantes, mais montre tout de même une belle diversité avec au moins 22 espèces nicheuses.
En outre, l’étang de Mousquey est situé en tête du bassin du Midou. Il est donc connecté à une zone humide reconnue d’importance communautaire pour la conservation du Vison d’Europe (Mustela lutreola).
La ZNIEFF, centrée sur l’étang, englobe les boisements environnants qui jouent notamment un rôle de filtre en limitant les arrivées d’intrants agricoles issues des parcelles cultivées du bassin versant. Les parcelles cultivées tout près de l’étang peuvent être utilisées comme zones de ponte par les cistudes. Quant aux zones marécageuses et boisées situées en queue d’étang, elles offrent des sites de reproduction au cortège d’amphibiens présent.