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La partie aval de la vallée du Lot, après Cahors, comprend nettement moins de corniches rocheuses que sa partie amont. Cependant, même en aval de la préfecture lotoise, la rivière présente une biodiversité, notamment en espèces aquatiques et amphibies, encore largement digne d’intérêt. La zone est essentiellement constituée du lit mineur du Lot et des boisements rivulaires, naturels, plantés et subspontanés. Contrairement à la Dordogne, le Lot ne présente que très peu de zones à courant naturel : les nombreuses chaussées qui le jalonnent font sentir leur influence sur l’immense majorité de son cours. Cela entraîne notamment différents phénomènes comme l’eutrophisation et l’envasement des fonds. Les berges sableuses sont aujourd’hui quasi inexistantes. La remise en navigabilité du Lot, à vocation touristique, risque encore d’accentuer le phénomène.
Malgré ce handicap, qui fait nettement diminuer la capacité d’accueil de la rivière pour les herbiers aquatiques et la faune inféodée, la zone demeure intéressante tant au point de vue piscicole que pour ses invertébrés aquatiques. Le Brochet (Esox lucius) se reproduit dans divers herbiers (aménagés ou naturels). L’Anguille (Anguilla anguilla) fréquente également bien cette portion de rivière. La Loutre d’Europe (Lutra lutra), qui a amorcé depuis une dizaine d’années la reconquête des vastes territoires d’où elle avait disparu, fréquente à nouveau cette rivière et quelques-uns de ses affluents. Parmi l’entomofaune remarquable, il faut noter la présence du Gomphe de Graslin (Gomphus graslinii) et de la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii). Ce sont deux espèces d’intérêt communautaire liées aux cours d’eau lents, qui présentent ici de belles populations. Plus ponctuellement, notamment sur les petits affluents à cours plus rapide et souvent occupés par des formations tuffeuses du Cratoneurion, on a relevé la présence du Caloptéryx hémorrhoïdal (Calopteryx haemorrhoidalis). Le Gomphe à crochets (Onycogomphus uncatus), dont des individus ont été observés chassant sur des zones attenantes à celle-ci, est également présent au stade larvaire en quelques points de la rivière. Les quelques micro-plages sableuses et rocheuses abritent le Tétrix déprimé (Depressotetrix depressa). Le niveau local de rareté de ce très petit criquet est probablement surévalué, notamment en raison de sa taille et de sa discrétion (il n’émet pas de stridulation). Les quelques secteurs à ceinture végétale herbacée (cariçaies par exemple) et les petites vasières à végétations lacunaires (dont certaines relèvent du Bidention) hébergent, quant à elles, un autre orthoptère fréquent en zones humides : le Grillon des marais (Pteronemobius heydenii). Outre la présence remarquable du Faucon pèlerin et du Grand Corbeau, nicheurs sur les corniches rocheuses d’Orgueil, il faut aussi noter la présence du Pic mar qui fréquente assidûment les grands arbres de la ripisylve. D’autres oiseaux, comme la Chouette chevêche, le Torcol fourmilier ou la Huppe fasciée, peuvent trouver des sites de nidification intéressants dans les vieux arbres conservés au sein des boisements rivulaires. Le champ de captage d’eau potable de Douelle, constitué de plusieurs forages, a permis de révéler la présence d’une microfaune stygobie (aquatique souterraine) tout à fait remarquable. 5 espèces à haute valeur patrimoniale, dont quatre petits crustacés (Ingolfiella thibaudi, Parastenocaris boui, Salentinella petiti et Stenasellus virei) y ont été observées. Il s’agit d’une microfaune liée aux milieux interstitiels de la nappe phréatique du Lot (et en connexion plus ou moins étroite avec le cours aérien de la rivière). Ces espèces sont potentiellement présentes dans toute la vallée, mais elles n’en demeurent pas moins rares et fragiles tant au niveau local que national.
Cette zone abrite une faune particulièrement riche, avec plusieurs espèces rares, fragiles et protégées. La fragilité des écosystèmes aquatiques et la vulnérabilité de la microfaune, tant souterraine que vivant en eau libre, les rendent sensibles à toute altération physico-chimique ou hydrologique. Cette biodiversité devait être encore bien plus riche qu’aujourd’hui.
La zone comprend le lit mineur de la rivière Lot, compris entre Cahors (46) à l’amont, et Fumel (47) à l’aval. Elle inclut quelques confluences d’affluents secondaires et la partie aval de la Thèze. Les boisements rivulaires bordant la rivière sont également inclus, de même que quelques éléments d’intérêt patrimonial ponctuels et en contact avec le lit mineur : champ de captage de Douelle et falaises à avifaune rupestre d’Orgueil.
