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Cette ZNIEFF linéaire concerne la moyenne vallée du Lot, des environs de Cahors jusqu’à Bouillac, soit un peu plus de 1 545 ha pour une moyenne altitudinale de l’ordre de 150 m. Cette vaste zone concerne essentiellement le lit mineur rassemblant des milieux alluviaux (cours d’eau, boisements alluviaux, bancs d’alluvions, annexes fluviales [bras morts]), mais également des secteurs de coteaux secs calcaires (forêts de ravins et falaises calcaires notamment), totalisant ainsi sept habitats déterminants.
La diversité en habitats, intégrant notamment des pelouses et des milieux rupestres, explique la forte richesse en espèces végétales déterminantes des abords du Lot.
Sur les parois calcaires et les milieux rocheux associés ont été recensés des taxons remarquables tels que la Corbeille d’Argent (Hormatophylla macrocarpa), protégée en France, ainsi que l’Arabette dressée (Arabis scabra), la Sabline à grandes fleurs (Arenaria grandiflora subsp. Grandiflora), la Silène brise-pierre (Silene saxifraga). Notons également les mentions de la Minuartie en bec (Minuarta rostrata) et du Saxifrage continental (Saxifraga fragosoi) (V. Heaulmé, 1993).
D’autres plantes remarquables se développent sur des pelouses vivaces basophiles : Cardoncelle sans épines (Carduncellus mitissimus), Catananche (Catananche caerulea), Euphorbe de duval (Euphorbia duvalii), Gaillet à feuilles d’asperges (Galium corrudifolium), Marguerite vert-glauque (Leucanthemum subglaucum), Iris jaunâtre (Iris lutescens), Véronique en épi (Veronica spicata)…
La Silène à bouquets (Silene armeria) et la Sabline des chaumes (Arenaria controversa) qui est protégée en France sont caractéristiques de tonsures à annuelle. Ces milieux s’expriment le plus souvent sur de petites surfaces, notamment sur lithosols.
Les boisements et les manteaux arbustifs des bords du Lot abritent d’autres enjeux, avec des espèces thermophiles comme le Pistachier térébinthe (Pistacia terebinthus) et le Chêne vert (Quercus ilex), ainsi que des plantes de sous-bois, telles que l’épipactis à petites fleurs (Epipactis microphylla) et, surtout, le Millet verdâtre (Pipapterum virescens) qui est protégé en France.
Deux commensales des cultures, la Spéculaire de Castille (Legousia scabra) qui est protégée en France et le Pavot Sauvage (Papaver setigerum), ainsi que deux plantes de friches thermophiles, la Rapette couchée (Asperugo procumbens) et l’Urosperme faux picris (Urospermum picroides), croissent çà et là sur ce site, notamment sur des secteurs agricoles.
D’un point de vue faunistique, le cours du Lot présente des milieux aquatiques qui ont un fort intérêt piscicole pour des espèces remarquables comme l’Anguille, le Toxostome et le Brochet. Des données récentes font apparaître la présence d’une petite population de Vandoise rostrée sur la moyenne vallée du Lot. Cette espèce, dont les sites de reproduction sont protégés, est remarquable sur ce secteur du Lot, très aménagé par la présence quasi continue de retenues donnant ainsi un profil lentique à ce cours d’eau. Sa présence est ici limitée à quelques faciès courants à faible profondeur. La Loutre d’Europe fréquente également ces milieux ainsi que plusieurs libellules protégées. C’est le cas de la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii) et de la Cordulie splendide (Macromia splendens), protégées au niveau national et affectionnant les eaux calmes, ainsi que du Gomphe de Graslin (Gomphus graslinii). Il faut signaler que la Cordulie splendide (Macromia splendens) est la seule espèce française de libellule considérée comme vulnérable sur la liste rouge de l’UICN. Enfin, la Libellule fauve (Libellula fulva) et la Cordulie métallique (Somatochlora metallica metallica) peuvent également être rencontrées sur les rivières aux eaux calmes bordées de zones herbeuses et arborées. Aux abords du Lot, les milieux rupestres sont particulièrement intéressants d’un point de vue ornithologique avec la présence régulière du Faucon pèlerin, du Pigeon colombin et du Martinet alpin. Le Pic mar est nicheur dans les zones boisées matures ainsi que le Pic noir, plus grand pic d’Europe, qui connaît une expansion géographique importante. La zone est également fréquentée par le Circaète Jean-le-Blanc, qui trouve ici des zones de quiétude et des secteurs de chasse plutôt thermophiles riches en reptiles. 3 espèces de papillons diurnes déterminants ont été observées. Il s’agit du Nacré de la filipendule (Brenthis hecate), dont la chenille se nourrit de Filipendule commune (Filipendula vulgaris). Ce papillon affectionne les endroits ensoleillés (pelouses, landes sèches…). À l’inverse, on peut observer le Cuivré des marais (Lycaena dispar), bien représenté dans le département du Lot et qui va plutôt rechercher des zones humides riches en oseilles sauvages (Rumex sp.), et le rare Thécla de l’orme (Satyrium w-album), inféodé aux secteurs de lisières, de haies et de bois clairs avec des ormes. En effet, tout au long de leur croissance, les chenilles de cette Thécla vont se nourrir des jeunes bourgeons et des feuilles de ces arbres. Enfin, citons parmi les orthoptères identifiés sur cette ZNIEFF : le Grillon des marais (Pteronemobius heydenii), qui affectionne les eaux stagnantes (prairies inondables notamment), et le Grillon des torrents (Pteronemobius lineolatus), espèce très discrète fréquentant les berges de cours d’eau. Aussi, on trouve la Magicienne dentelée (Saga pedo), qui est la plus grande sauterelle d’Europe. C’est une prédatrice qui se rencontre sur les habitats xériques riches en rocailles et se nourrit notamment de criquets. Cette espèce méditerranéenne est ici en limite d’aire de répartition. C’est la seule sauterelle protégée en France.
La ZNIEFF correspondant à la vallée moyenne du Lot reprend le cours d’eau sur plus de 1 545 ha linéaires des environs de Cahors jusqu’à Bouillac, et prend en compte la répartition des différents habitats et espèces de faune et de flore recensés.
