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Ce site concerne la Garonne depuis son entrée en France au plan d’Arem, jusqu’à Montréjeau. Il intègre le lit mineur et les franges boisées riveraines, auxquels viennent s’associer des éléments rocheux limitrophes lorsqu’ils présentent un intérêt naturel identifié, ainsi que les annexes fluviales constituées par les canaux de moulins et les parties aval des torrents affluents. Les petits réseaux hydrographiques issus des versants et n’appartenant pas à d’autres ZNIEFF sont également inclus. Ceux-ci comprennent les deux ruisseaux de Barousse, la Gau et ses affluents issus du lac de Saint-Pé-d’Ardet ainsi que le lac de Barbazan et son émissaire. Les terrains traversés sont d’abord acides, principalement schisteux puis calcaires dans le secteur de Saint-Béat avec à la suite des rognons d’ophites (roches basiques des Pyrénées) qui entravent l’écoulement au niveau d’Eup (Pouy du Calvaire). Ensuite, le lit passe à nouveau sur des niveaux de terrains schisteux entre Eup et Fronsac, puis on rentre de nouveau dans des niveaux calcaires qui vont se poursuivre jusqu’à Gourdan-Polignan et Montréjeau. La roche en place est recouverte de niveaux d’alluvions récentes formant des bassins successifs voire de petites terrasses alluviales ou fluvio-glaciaires. On peut les localiser entre Fos et Saint-Béat, entre Eup et Labroquère, puis à une échelle plus réduite, entre Valcabrère et Tibiran-Jaunac. Paradoxalement, c’est principalement dans la partie aval du site, en aval de Labroquère et jusqu’à Gourdan-Polignan, que les rives s’escarpent en petites gorges où apparaissent des saillies de rochers calcaires plus vifs. Le climat est principalement froid dans la partie amont (Fos-Saint-Béat) du fait de la profondeur et de l’orientation de la vallée qui limite l’ensoleillement hivernal. Il est tempéré ailleurs. Les précipitations sont de l’ordre de 900 à 1 000 mm par an dans la partie aval avec une isotherme annuelle de 12°C, conditions qui se maintiennent sur la plus grande partie du site sauf en amont de Saint-Béat où les précipitations rentrent dans une tranche de 1 100 à 1 200 mm et où l’isotherme est inférieure à 12°C. La vallée est marquée, surtout sur ses versants, par l’empreinte du glacier qui atteignait Labroquère à son extension maximale et qui a laissé des replats latéraux, notamment les dépressions formant les lacs de Barbazan et de Saint-Pé-d’Ardet. Les paysages sont constitués de milieux ouverts principalement prairiaux ou cultivés sur les bassins alluviaux et les terrasses, ainsi que de franges arborées plus ou moins larges presque continues le long du fleuve. Les milieux présents sont de plusieurs natures. Le milieu aquatique et proprement riverain comprend des herbiers flottants de renoncules aquatiques, des grèves plus ou moins végétalisées soumises à la dynamique alluviale comprenant des végétations annuelles eurosibériennes de vases déposées, des massifs arbustifs de saules drapés, et enfin des ripisylves se partageant entre saulaies blanches (30 % environ) et frênaies-aulnaies (60 %), soumises à des crues plus ou moins régulières. On note plus ponctuellement, au niveau d’anciennes gravières sur la commune d’Ore, des végétations d’eaux calcaires oligotrophes riches en characées. Quelques éléments de mégaphorbiaie montagnarde existent çà et là en bord de rivière, mais n’ont pas un grand développement. Les milieux boisés comprennent également des tillaies plus ou moins sèches de versants instables, présentes çà et là en aval de Labroquère. La lande est présente de façon vestigiale, soit par des formations stables de Buis occupant des versants rocheux au niveau de Gourdan-Polignan, soit par des landes sèches à Callune avec une végétation acidiphile très typique, dont l’intérêt culmine à Eup avec l’apparition de formations de Cistes à feuilles de sauge (Cistus salviifolius) exceptionnelles en situation aussi interne dans le massif pyrénéen. Les formations rocheuses associées concernent, en amont et au centre, des dalles siliceuses colonisées et riches en orpins, ainsi que des végétations de parois calcaires ou de parois siliceuses. On compte également quelques petites cavités rocheuses peu développées. Les milieux prairiaux sont souvent bien préservés et d’autant plus intéressants, en particulier sur Fos, Argut-Dessous, Arlos, Saint-Béat, Marignac et Bagiry. On y rencontre une gamme complète de prairies de fauche de montagne, de prairies maigres de fauche et de prairies que l’on peut rattacher au Mesobromion des Pyrénées centrales.
Les espèces de flore associées sont, pour les rochers siliceux, le Ciste à feuilles de sauge, la Linaire à feuilles de pâquerette (Anarrhinum bellidifolium) et le Millepertuis à feuilles de linaire (Hypericum linariifolium). Pour les parois rocheuses en amont, on trouve principalement l’Asaret (Antirrhinum asarina), mais qui reste rare. Les mégaphorbiaies contiennent la Lunaire vivace (Lunaria rediviva) à Labroquère, la Grande astrance (Astrantia major) et l’Œillet barbu (Dianthus barbatus) à Argut-Dessous, alors que l’on trouve, uniquement à Fos en limite amont, la Laitue de Plumier (Cicerbita plumieri) de manière plus isolée et surtout au niveau des parois humides. Dans certaines prairies de fauche très humides au printemps, on observe l’Ophioglosse commun (Ophioglossum vulgatum) et, si elles sont riches en calcaire, elles sont susceptibles d’héberger l’Orchis punaise (Orchis coriophora subsp. coriophora), espèce protégée en France. La Fritillaire des Pyrénées (Fritillaria nigra) est bien représentée dans les prairies calcaires autour de Saint-Béat. Les abords marécageux du lac de Barbazan hébergent trois espèces protégées en Midi-Pyrénées : le Marisque (Cladium mariscus), qui n’a pas été revu récemment, le Polystic des marais (Thelypteris palustris), qui reste bien représenté, et une belle ceinture de Nénuphar jaune (Nuphar lutea) sur les eaux du lac. Enfin, les pentes de la terrasse fluvio-glaciaire en aval de Seillan contiennent une formation d’Ajonc nain (Ulex minor) qu’on ne retrouve plus à l’intérieur de la vallée. La faune présente également un intérêt certain tant pour sa diversité que pour ses espèces patrimoniales. Parmi les mammifères aquatiques, la Loutre d’Europe (Lutra lutra) est bien représentée ici malgré une colonisation assez récente. Cette espèce est reproductrice sur plusieurs parties du site. Le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus) semble aujourd’hui ne trouver sur la Garonne qu’une solution de continuité entre les diverses confluences des torrents de l’amont (Melles et Arlos) où il paraît mieux représenté, et les ruisseaux et les canaux de moulins et d’irrigation qui sillonnent les divers bassins de la moitié amont du site (de Fos à Ore). Plus en aval, il apparaît également sur le cours des ruisseaux. Le Putois (Mustella putorius) est présent çà et là dans les milieux humides en bord de rivière et dans les villages. Les chauves-souris, Barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus), Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibsersii), Petit et Grand Rhinolophes (Rhinolophus hipposideros et Rhinolophus ferrumequinum) et Vespertillion à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), sont présentes à proximité du site, en nombre assez modeste. Mais elles représentent une certaine diversité d’espèces, et leur utilisation privilégiée du milieu riverain et de ses abords comme zones de chasse voire de gîte est un facteur important à prendre en considération. Le plan de restauration des poissons migrateurs œuvre depuis plusieurs années pour le retour du Saumon atlantique (Salmo salar). Cette espèce fait l’objet sur le site d’apports d’individus adultes reproducteurs capturés en aval de Carbonne (retenue d’eau qui inaugure une série de seuils infranchissables pour l’espèce, dans l’attente d’équipements adaptés). Par ailleurs, des introductions de jeunes poissons nés en pisciculture ont lieu entre Chaum et Marignac, afin d’alimenter un processus de remontée naturelle de saumons vers le bassin amont de la Garonne. La Garonne amont constitue donc, pour le plan de restauration de cette espèce, une zone particulièrement importante. Le Chabot (Cottus sp.), espèce plus discrète, nocturne et sensible aux apports de sédiments fins, est encore assez bien représenté au niveau des gravières. L’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), espèce sensible à la pollution des eaux, aux calibrages et aux introductions d’espèces, occupe encore une place correcte dans plusieurs ruisseaux affluents de la Garonne. Parmi les oiseaux, le Chevalier guignette (Actitis hypoleucos) est fréquent sur ce site, y compris en période de reproduction. Il occupe les grèves peu végétalisées, les atterrissements et les îles et, nichant au sol, il est sensible aux piétinements et aux dérangements. Le Milan royal (Milvus milvus) chasse fréquemment au bord de la Garonne où sa présence, tant en période d’hivernage que de reproduction (ripisylve, bocage, pentes boisées), est assez constante. Le Grand-duc d’Europe (Bubo bubo) trouve au niveau des rives des zones de chasse intéressantes. Régulièrement signalé à Fos ces dernières années, il bénéficie d’une reprise démographique au niveau de l’ensemble de la région, et est susceptible de s’installer partout où des pentes escarpées ou des parois, même petites, lui assurent un refuge. Parmi les insectes signalés sur le site, le Cordulégastre bidenté (Cordulegaster bidentata) est bien représenté au niveau des ruisseaux aux eaux calcaires ou peu acides. La Grande Coronide (Satyrus ferula) est présente sur la partie amont du site, sur les pelouses sèches et landes occupant certaines pentes schisteuses. Elle pond ses œufs sur la Fétuque des moutons (Festuca ovina). Cette espèce est ici en limite occidentale de son aire. Le Grand Nègre des bois (Minois dryas) semble absent en bordure de la Garonne, mais est plus facile à observer sur les marais calcaires riches en Molinie (plante hôte privilégiée), qui prolongent ses affluents en rive droite (Lourde et Saint-Pé).
Ce site concerne la Garonne depuis son entrée en France au plan d’Arem, jusqu’à sa confluence avec la Neste à Montréjeau. Il intègre le lit mineur et les franges boisées riveraines, auxquels viennent s’associer des éléments rocheux limitrophes lorsqu’ils présentent un intérêt naturel identifié, ainsi que les annexes fluviales constituées par les canaux de moulins et les parties aval des torrents affluents. Les petits réseaux hydrographiques issus des versants et n’appartenant pas à d’autres ZNIEFF sont également inclus. Ceux-ci comprennent les deux ruisseaux de Barousse, la Gau et ses affluents issus du lac de Saint-Pé-d’Ardet ainsi que le lac de Barbazan et son émissaire. Les milieux riverains bien préservés mais sans enjeux identifiés font l’objet de la ZNIEFF de type 2 « Garonne amont, Pique et Neste ».
