Les pics de Gar et de Cagire, liés par une crête passant par le col de Caube, le pic de l’Escalette, Pique-Poque et enfin le col du Pas de l’Âne, constituent un massif cohérent et charismatique dénommé localement le massif de Gar-Cagire. Il constitue le premier massif imposant après le piémont commingeois et avant les hautes vallées de la Garonne et de la Pique au sud du département de la Haute-Garonne. Ce massif est très largement calcaire et karstique, permettant la présence de quelques lapiaz et gouffres. On trouve cependant quelques affleurements schisteux à l’ouest du massif et quelques épanchements d’ophite et de lherzolithe en particulier sur l’original plan de Calem à Moncaup. Cette composition géologique est à la source des premiers éléments fonctionnels écologiques visibles du site : les vastes falaises au sud du pic de Gar, les falaises au nord de l’Escalette, les éboulis de ces mêmes pics...
Les habitats rocheux sont nombreux sur le site ; les groupements végétaux y sont originaux et riches d’une flore (la Campanule remarquable [Campanula speciosa], la Potentille fausse alchémille [Potentilla alchemilloides], l’Alysson à feuilles en coin [Alyssum cuneifolium], protégée régionale, la Drave faux aïzoon [Draba aizoides], la Saxifrage de Burser [Saxifraga aretioides]) et d’une faune (Tichodrome échelette, Faucon pèlerin...) spécialisées. Les isards constituent ici des populations remarquables à une altitude assez faible pour l’espèce (le Cagire est le point culminant à 1 912 m). Moins visibles, les gouffres sont aussi nombreux avec des entrées parfois spectaculaires ou au contraire très discrètes ; leur entrée héberge parfois la Scrofulaire des Pyrénées (Scrophularia pyrenaica, protégée nationale), et leur réseau est le lieu de vie de chiroptères divers et de coléoptères cavernicoles remarquables (Aphaenops sp.). Autour de ces éléments rocheux structurants s’étendent de vastes estives composées de pelouses calcicoles de différentes natures : pelouses sèches de basse altitude (Renoncule à feuilles de graminée [Ranunculus gramineus], protégée départementale, Fétuque d’Auquier [Festuca auquieri], Germandrée dorée [Teucrium aureum]...), pelouses sèches subalpines (Fétuque à balais [Festuca gautieri], Fétuque de Cagire [Festuca cagiriensis], Bartsie en épi [Nothobartsia spicata], protégée nationale...), pelouses de pied de falaise, pelouses plus fraîches de versant nord (Raiponce des Pyrénées [Phyteuma pyrenaicum], Iris des Pyrénées [Iris latifolia], Orchis pâle [Orchis pallens]). Le pâturage est omniprésent, principalement ovin sur Cagire, bovin sur Gar. Les reposoirs hébergent localement la Gagée jaune (Gagea lutea), protégée nationale. La dynamique de cette végétation tend vers des fruticées calcicoles tout aussi originales, en particulier à basse altitude où le caractère xérothermophile des versants sud permet l’installation d’arbustes à forte connotation méridionale (Pistachier térébinthe [Pistacia terebinthus], Filaire à feuilles étroites [Phyllirea angustifolia], Genévrier thurifère [Juniperus thurifera], protégé régional, Alaterne [Rhamnus alaternus]...), notamment sur le mont de Saint-Béat. En versant nord, des landes assez originales peuvent se rencontrer, notamment sur le pic de l’Escalette ; on notera particulièrement les landines à Arctostaphyllos alpina, mais aussi quelques rares landes à Rhododendron. La forêt est enfin l’élément majoritaire de ce massif avec une diversité tout aussi importante. La forêt majoritaire est une hêtraie (parfois hêtraie-sapinière) neutrophile mésophile à hygrosciaphile (Mélinet des Pyrénées [Cerinthe glabra subsp. pyrenaica], protégé régional, Épipactis à petites feuilles [Epipactis microphylla], Muguet [Convallaria majalis], non déterminant mais remarquable ici car présent à plus de 1 500 m...). Là où le sol est le plus superficiel, des hêtraies calcicoles sèches remarquables sont présentes sur versant sud comme sur versant nord (avec d’originales hêtraies à Seslérie) ; on y notera l’abondance de la Céphalanthère rouge (Cephalanthera rubra). Parfois pour des raisons géologiques ou édaphiques, la forêt acidiphile apparaît : chênaie sessiliflore à basse altitude (avec Ciste à feuilles de sauge [Cistus salviifolius] en sous-bois ou en lande annexe, en particulier du côté de Fronsac), hêtraie acidiphile au montagnard, avec parfois Gaillet des bois (Galium sylvaticum). La majorité des forêts présentes sont cependant relativement jeunes avec des traces omniprésentes d’anciens pâturages, d’anciennes cultures ou d’exploitation importante du bois (granges, charbonnières, câbles, souches...). Dans les situations les plus pentues ou parfois sur substrat ébouleux, la tillaie de ravin en particulier xérophile prend place avec des surfaces parfois tout à fait exceptionnelles (Montégut). De façon assez marginale mais cependant régulière, de petits ruisselets s’écoulent dans quelques talwegs fréquentés pour les plus importants d’entre eux par le Desman des Pyrénées ; on notera en particulier la présence de mégaphorbiaies luxuriantes proches de ces cours d’eau (Valériane des Pyrénées [Valeriana pyrenaica], Lis des Pyrénées [Lilum pyrenaicum]...), de quelques sources et rarement de petits bas-marais de pentes. Parmi les galliformes de montagne, le Grand Tétras est bien représenté sur la zone (place de chant, zones de nichées etc.).
Le massif de Gar-Cagire est une entité aussi charismatique que fonctionnelle avec une continuité spatiale remarquable en particulier sur les pelouses de crêtes, les forêts de versants et le réseau souterrain.
Le site englobe le massif de Gar-Cagire, réunissant les deux pics de Gar et de Cagire et délimité nettement au nord par les cols des Ares et de Buret, au sud par la vallée de la Lez, à l’est par la vallée encaissée du Ger et à l’ouest par la vallée de la Garonne. Le massif est cohérent d’un point de vue géologique (grande majorité calcaire) et fonctionnel (largement forestier, lien naturel entre Gar, Escalette, Pique-Poque et Cagire constituant l’ensemble du massif). Les contours tiennent compte de la répartition des habitats déterminants. Les surfaces sensiblement moins riches en enjeux naturels identifiés (certains bas de versants notamment) font l’objet de la ZNIEFF de type 2 « Ensemble du massif de Gar-Cagire et bassin de Juzet-d’Izaut ».