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Situé sur les corniches ouest du causse du Larzac, le cirque du Boundoulaou est composé pour l’essentiel de milieux forestiers (versants du causse). Sur la partie haute de ces versants, de nombreux affleurements rocheux, falaises et éboulis sont présents avec des grottes. Des milieux plus ouverts (pelouses sèches ou landes) sont également présents. Sortant du fond du cirque (résurgence), le ruisseau du Boundoulaou va se jeter dans le Tarn en aval de Creissels. La moitié de cette ZNIEFF, notamment le cirque du Boundoulaou en lui-même, est classée en zone Natura 2000 au titre de la directive européenne « Habitats » (ZSC « Cirque et grotte du Boundoulaou »). Par ailleurs, en 1992, un arrêté préfectoral de protection de biotope (APPB) a interdit la fréquentation de la grotte du Boundoulaou de mars à octobre pour protéger les colonies de reproduction des chauves-souris.
Le milieu le plus intéressant de cette ZNIEFF est sans conteste la grotte du Boundoulaou qui abrite plusieurs espèces de chauves-souris, pendant la période aussi bien hivernale que de reproduction. En outre, des oiseaux rupestres peu communs se reproduisent sur les falaises du site. Enfin, les pelouses sèches et rocailleuses ainsi que les landes sur sol calcaire permettent la présence d’une flore caractéristique. La diversité de ces milieux permet donc la présence d’une faune et d’une flore variées.
La grotte du Boundoulaou est utilisée par plusieurs espèces de chauves-souris, pendant la période aussi bien hivernale que de reproduction. Quelques centaines de Petit Murin et Grand Murin cohabitent dans la colonie de reproduction présente. Des individus de Petit Rhinolophe utilisent la grotte pendant la période hivernale. Un maximum d’une vingtaine d’individus a été comptabilisé. Par ailleurs, le Molosse de Cestoni a aussi été identifié à plusieurs reprises dans le cirque du Boundoulaou grâce à un détecteur à ultrasons. Cette grande chauve-souris est une espèce rupestre qui s’abrite sous les écailles rocheuses dont l’ouverture est orientée vers le bas. Grâce à la diversité des milieux (falaises, éboulis, bois, pelouses sèches et prairies humides au bord du ruisseau du Boundoulaou), l’intérêt floristique de la ZNIEFF est important puisque de nombreuses espèces protégées y ont été recensées. Ainsi, une espèce protégée au niveau national est notée : la Corbeille d’argent à gros fruits (Hormathophylla macrocarpa). En protection régionale, on retrouve pas moins de 5 espèces dont plusieurs endémiques des causses : la Grande Uvette (Ephedra major subsp. major), l’Épilobe de Dodoens (Epilobium dodonaei), l’Ophrys d’Aymonin (Ophrys aymonii), la Potentille des Cévennes (Potentilla caulescens subsp. cebennensis) et le Thym de la dolomie (Thymus dolomiticus). Enfin, 2 espèces protégées au niveau départemental ont été recensées : la Campanule remarquable (Campanula speciosa subsp. speciosa) et la Scrofulaire du Jura (Scrophularia canina subsp. juratensis). En dehors des espèces protégées, 2 autres taxons sont jugés très rares en Aveyron : l’Œnanthe à feuilles de Silaüs (Oenanthe silaifolia) et la Valériane des montagnes (Valeriana montana). Présent depuis au moins 1995, où un individu est observé à l’entrée de la grotte du Boundoulaou, le Grand-Duc d’Europe est régulièrement contacté dans le cirque. Néanmoins, un oiseau a été retrouvé électrocuté en octobre 2008. Les falaises du cirque permettent la reproduction d’autres oiseaux rupestres comme le Crave à bec rouge, le Martinet à ventre blanc et le Pigeon colombin. Le milieu souterrain abrite aussi différentes espèces d’invertébrés, certains étant endémiques en France : un coléoptère (Speotrechus mayeti) et deux crustacés (Niphargus robustus et Oritoniscus vandeli).
Ce site constitue une zone d’alimentation régulièrement utilisée par des rapaces rupestres ou forestiers se reproduisant sur les corniches des Grands Causses, par exemple l’Aigle royal ou le Circaète Jean-le-Blanc. En hiver, les falaises sont parfois occupées par le Tichodrome échelette, petit passereau montagnard et rupestre venant passer l’hiver en Aveyron.
Le zonage prend en compte les corniches ouest du Larzac, entre l’oppidum de la Granède et le puech de Fayssel, qui abrite une faune et une flore rares. La limite du site est donc fixée par le relief et les formations végétales qui en découlent.
