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Cette ZNIEFF correspond à la rivière le Lot qui comprend son lit mineur ainsi que des zones attenantes, soit près de 2 560 ha pour une altitude moyenne de 337 m. Les paysages correspondent donc au cours d’eau proprement dit, à la ripisylve et aux zones forestières et agricoles composées essentiellement de prairies mésophiles. Des affleurements rocheux et des falaises font également partie de la composante paysagère de cette ZNIEFF.
Les inventaires floristiques sont lacunaires, puisque seules 2 espèces déterminantes sont actuellement connues. Il s’agit de la Balsamine des bois (Impatiens noli-tangere), typique des bois humides, et du Muflier à grandes fleurs (Antirrhinum majus), qui pousse sur les affleurements rocheux. Les données de champignons et de lichens sont très pauvres, sans doute par manque d’inventaire. On peut noter le champignon Dermoloma phaeopodium, rare espèce de pelouse maigre, et la présence du lichen épiphylle aérohygrophile Strigula buxi, propre à des gorges abritées et sombres. D’un point de vue ornithologique, les affleurements rocheux et les falaises accueillent des espèces inféodées aux milieux rupestres. Il s’agit du Faucon pèlerin et du Grand-Duc d’Europe qui trouvent ici à la fois ressources alimentaires et zones de tranquillité favorables à leur installation. Certaines zones forestières matures proches du cours d’eau seraient des secteurs potentiels de nidification du Pic mar mais aussi de l’Aigle botté, rapace forestier peu commun dont l’aire de répartition tend à diminuer rapidement. On note également la présence d’un mammifère peu commun de la famille des mustélidés, la Loutre d’Europe, qui connaît une tendance actuelle à la recolonisation, mais qui reste vulnérable. Cette rivière semble répondre aux exigences de l’espèce, c’est-à-dire un cours d’eau permanent avec par endroits des zones assez profondes au courant pas trop rapide, des ressources alimentaires, des berges favorisant ses installations, et enfin des sites peu affectés par des pressions anthropiques (fréquentation, aménagements...). Également, cet hydrosystème fluviatile rassemble des conditions écologiques (qualité des eaux et habitats) favorables à 4 espèces déterminantes de poissons, que ce soit en termes d’aire trophique (ressource alimentaire) ou d’aire génésique (ponte). Ainsi, on peut retrouver une espèce migratrice, l’Anguille commune ; des espèces de la famille des Cyprinidés, la Vandoise rostrée ou encore le Toxostome, qui affectionnent les eaux claires bien oxygénées tout comme le Chabot commun, de la famille des Cottidés, qui se localise préférentiellement dans des eaux plutôt rapides aux fonds caillouteux. Enfin, un crustacé rare classé aux annexes II et V de la directive « Habitats », l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), est peu fréquent, vulnérable et sensible à la qualité des eaux. En effet, sa présence se limite à de faibles linéaires sur quelques rares affluents du Lot sur le secteur considéré.
La ZNIEFF de l’hydrosystème « Lot » prend en considération la partie aveyronnaise du cours d’eau. Elle a été définie en fonction de la répartition des espèces de faune et de flore, mais aussi en termes de continuité écologique et fonctionnelle.
