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La ZNIEFF de la rivière Tarn prend en considération un linéaire du cours d’eau sur un peu plus de 2 385 ha à cheval sur les départements de l’Aveyron et du Tarn. La limite ouest correspond à la commune de Saint-Juéry, et à la limite est à celle de Mostuéjouls. Le cours d’eau est constitué d’alluvions récentes. L’altitude moyenne est de 300 m. Les paysages observés correspondent essentiellement au lit mineur et à sa ripisylve, à quelques secteurs de bois et à des zones agricoles.
D’un point de vue floristique, une vingtaine d’espèces déterminantes ont été recensées. Ce sont essentiellement des espèces des rochers acides, telles que le Silène à bouquets (Silene armeria), l’Asarine couchée (Asarina procumbens) et les fougères Asplénium du Forez (Asplenium foreziense), Asplénium de Billot (Asplenium obovatum subsp. billotii), et Asplénium des ânes (Asplenium onopteris), cette dernière étant fort rare dans le département de l’Aveyron. Ensuite, on trouve des espèces de tonsures annuelles acidiphiles avec notamment la Porcelle des moutons (Arnoseris minima) et l’Hélianthème tacheté (Xolantha guttata). La ripisylve présente de belles populations de Primevère acaule (Primula vulgaris subsp. vulgaris). Enfin, les sables des bords du Tarn offrent également quelques espèces intéressantes, comme la Glaucienne jaune (Glaucium flavum) ou la Soude-bouc (Salsola kali subsp. tragus), taxon protégé en Midi-Pyrénées. Si on considère la faune, cette ZNIEFF accueille plusieurs groupes taxonomiques intéressants, notamment ceux concernant les oiseaux, les mammifères, les insectes ainsi que les crustacés. On note la présence de deux mammifères peu communs. Il s’agit d’une espèce de la famille des mustélidés essentiellement piscivore, la Loutre d’Europe, et du plus grand rongeur européen, le Castor d’Eurasie. Ces deux espèces connaissent une tendance actuelle à la recolonisation, mais elles restent vulnérables. Cette rivière semble correspondre à leurs exigences écologiques à toutes deux, c’est-à-dire un cours d’eau permanent avec par endroits des zones assez profondes au courant pas trop rapide, des ressources alimentaires suffisamment disponibles (végétaux et poissons), des berges favorisant leurs installations et enfin un hydrosystème peu affecté par des pressions anthropiques (fréquentation, aménagements...). L’avifaune regroupe 13 espèces remarquables. On retrouve des oiseaux inféodés aux milieux rupestres (falaises en périphérie du cours d’eau) comme le Faucon pèlerin, le Grand-Duc d’Europe ou encore le Vautour fauve et le Crave à bec rouge. Les falaises argileuses sont susceptibles d’accueillir le Guêpier d’Europe. On recense également des espèces liées aux zones boisées plutôt matures comme le Pic mar. Ces mêmes zones peuvent être utilisées comme sites de nidification par certains rapaces comme le Circaète Jean-le-Blanc ou encore le Milan royal. Enfin, des espèces dépendant des milieux propres aux cours d’eau sont également présentes, comme le Petit Gravelot qui affectionne ici les zones planes sableuses et caillouteuses, et le Héron cendré qui niche dans la ripisylve. La présence de 3 espèces déterminantes de poissons témoigne de la bonne qualité des eaux de cette rivière. Celle-ci comprend une espèce migratrice représentée par l’Anguille et deux espèces de la famille des cyprinidés : la Vandoise commune et le Toxostome qui est moins exigeant en matière de qualité des eaux. Notons également la présence de la Bouvière dans des inventaires piscicoles réalisés en 2004 sur la commune d’Ambialet. Les grèves du Tarn abritent plusieurs orthoptères patrimoniaux. Les adultes du petit Grillon des torrents (Pteronemobius lineolatus) chantent en été. Parmi les criquets, l’Œdipode aigue-marine (Sphingonotus caerulans) est présent. La rivière Tarn présente également un très fort enjeu pour les odonates. Le Gomphe à crochets (Onychogomhus uncatus) est présent sur le Tarn, où il fréquente les zones de rapides. Milcent & Dommanget (1997) ont constaté un fort déclin de cette espèce sur la rivière Tarn au cours de ces dernières décennies. Trois espèces protégées en France et d’intérêt communautaire sont aussi présentes sur le Tarn : le Gomphe de Graslin (Gomphus graslini), la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisi) et la Cordulie splendide (Macromia splendens) (Milcent & Dommanget, 1997). Ces espèces affectionnent les grands cours d’eau « chauds » du Sud de la France. La Cordulie splendide fait l’objet d’un suivi sur le Tarn depuis 1979. Milcent & Dommanget (1997) citent également la présence dans la vallée du Tarn du rare Cordulégastre bidenté (Cordulegaster bidentata), dont la larve habite exclusivement les zones de sources et de résurgences. Les crustacés constituent les animaux les plus fréquents des eaux souterraines avec 3 espèces déterminantes connues. Selon Bou (2004), la présence d’espèces comme Candonopsis boui, Stenasellus virei, Acanthocyclops stammeri westphalicus... forme des associations faunistiques remarquables des nappes phréatiques du bassin hydrographique du Tarn. Il est important de signaler que Candonopsis boui est endémique du bassin du Tarn. La présence de l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) se limite à de faibles linéaires sur quelques affluents sur le secteur considéré. La qualité des eaux permet d’héberger un mollusque d’intérêt patrimonial reconnu, Moitessieria rolandiana. Cette espèce, protégée en France, est inféodée aux cours d’eau des bordures ouest et sud du Massif central.
La présence de nombreuses espèces animales et végétales sur cette portion de rivière représente un intérêt majeur en matière de conservation du patrimoine naturel de la région Midi-Pyrénées.
La ZNIEFF de la rivière Tarn prend en considération un linéaire du cours d’eau. La délimitation de cette zone a été établie en fonction de la répartition des espèces de faune et de flore. La limite ouest correspond à la commune de Saint-Juéry, et la limite est à celle de Mostuéjouls.
