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Situées à la jonction du Comminges et du Volvestre, à cheval sur les départements de la Haute-Garonne et de l’Ariège, les Petites Pyrénées s’étendent de part et d’autre de la vallée de la Garonne. Cette ZNIEFF ne comprend que la partie située à l’est de la Garonne. Relief majoritairement calcaire constitué de plusieurs plis allongés selon un axe nord-ouest - sud-est et d’altitude plutôt modeste (les plus hautes collines dépassent à peine 600 m, et le bioclimat y est majoritairement collinéen). Ce massif constitue le prolongement occidental du chaînon ariégeois du Plantaurel. Placées sous influence climatique océanique, au pied des reliefs des Pyrénées centrales, les Petites Pyrénées sont assez généreusement arrosées. Cependant, du fait de la nature souvent calcaire de leur sous-sol, de leur situation méridionale et de l’orientation même des plis géologiques qui les structurent (importantes corrections édapho-topographiques en exposition sud, accentuées par le pâturage), elles hébergent de très nombreuses espèces à affinités méditerranéennes, dont quelques-unes sont extrêmement localisées en Midi-Pyrénées. Ainsi, dès le début du XXe siècle, des phytogéographes comme Henri Gaussen ont porté à connaissance l’extraordinaire originalité floristique des Petites Pyrénées, et souligné l’étonnante présence à cet endroit de végétaux méditerranéens (Érable de Montpellier, Genêt scorpion, etc.). Bien plus tard, dans le courant des années 1990 et au début des années 2000, les premiers signalements du Seps strié et du Lézard ocellé n’ont fait que confirmer le caractère véritablement exceptionnel de son patrimoine naturel.
La plupart des espèces et habitats remarquables de cette zone sont donc inféodés aux versants sud des « quères », nom local des reliefs calcaires rocheux et arides qui caractérisent largement cette zone du point de vue paysager. La biodiversité de ces milieux naturels singuliers apparaît largement tributaire du pâturage extensif (ovin pour l’essentiel, secondairement bovin) qui s’y pratique depuis des siècles. À l’inverse, du fait même de son climat atmosphérique océanique et de son altitude, le massif accueille localement (en versant nord notamment, et sur substrats plutôt gréseux ou argileux) des écosystèmes frais et humides hébergeant des taxons à affinités montagnardes. La forêt de Sainte-Croix-Volvestre (Ariège) et son peuplement abyssal de Sapin pectiné (vestige d’une période climatique glaciaire) en constituent certainement l’exemple le plus frappant et le mieux connu.
En résumé, la zone possède une identité biogéographique extraordinairement originale et remarquablement contrastée, qui emprunte à la fois au froid et au chaud, à l’humide et au sec, aux Pyrénées et à la Méditerranée. Ce type d’entité, où le Sapin pectiné (Abies alba) voisine avec la Lavande à larges feuilles (Lavandula latifolia) et où le Seps strié se rencontre à peu de distance de la Grenouille rousse, n’a pas son égal en Midi-Pyrénées. À ce titre, ce secteur constitue un véritable laboratoire d’étude des effets du réchauffement climatique (extension des taxons méditerranéens ? Recul des taxons montagnards et/ou nordiques ?).
Cette ZNIEFF concerne les Petites Pyrénées en rive droite de la Garonne. Les contours intègrent les « quères » elles-mêmes et les pelouses sèches attenantes les mieux caractérisées, mais aussi des zones intermédiaires où les contingents d’espèces à affinités méditerranéennes sont légèrement moins importants (stades évolutifs plus riches en ligneux bas et/ou hauts : bois clairs, landes à Genévrier, etc.), mais offrent des opportunités de circulation à certaines espèces (Lézard ocellé, par exemple). Ils intègrent également des surfaces bocagères préservées à haute diversité et les principaux massifs forestiers d’importance. L’enveloppe obtenue intéresse donc une mosaïque de milieux très diversifiés mais non cloisonnés, où les corridors écologiques, écotones et interfaces sont nombreux. Au sein de cette zone trois secteurs ont été distingués en ZNIEFF de type 1 : « Quères des Petites Pyrénées (partie nord) », « Quères des Petites Pyrénées (partie sud) » et « Quères de Bédeille et grotte de Tourtouse ».
