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La ZNIEFF s’étend sur un linéaire d’environ 15 km sur la partie médiane du cours d’eau dénommé Douctouyre, de Carla-de-Roquefort à l’amont pour se terminer à l’aval de la commune de Vira. Les altitudes se situent entre 300 et 400 m. Le Douctouyre se jette dans l’Hers 5 km en aval de la ZNIEFF. Le linéaire prend essentiellement en compte le cours d’eau, en intégrant tout de même quelques habitats en connexion directe avec lui. Il s’agit en partie de la forêt riveraine (saules, aulnes et frênes) et des prairies humides attenantes. L’enjeu principal de cette ZNIEFF est le Desman des Pyrénées, petit mammifère semi-aquatique endémique des Pyrénées et du quart nord-ouest de la péninsule Ibérique, particulièrement original dans tous les aspects de sa biologie. Étroitement adapté à la vie semi-aquatique, il peuple des cours d’eau à régime hydrologique de type nival de transition à pluvio-nival, dans des massifs montagneux ou de piémont recevant une pluviométrie annuelle supérieure à 1 000 mm. Toutes les perturbations pouvant affecter le fonctionnement des cours d’eau et notamment le fonctionnement hydrologique sont préjudiciables à l’espèce. La pollution, la gestion piscicole, les sports aquatiques, etc. constituent autant de facteurs pouvant affecter de manière négative l’espèce et son habitat. Sur le site, les indices de présence sont fréquemment observés et les données suffisamment nombreuses pour permettre de considérer l’importance de ce cours d’eau par rapport à l’espèce. Cette zone joue un rôle fonctionnel évident en assurant la connexion avec les habitats aquatiques des autres ZNIEFF situées en amont et en aval. En ce qui concerne l’avifaune, le Guêpier d’Europe est présent. Cette espèce migratrice rejoint le secteur durant le printemps pour venir nicher en colonie sur les berges présentant des zones de falaises plutôt sablo-argileuses favorables à l’installation de son nid.
Également, le Caloptéryx hémorrhoïdal (Calopteryx haemorrhoidalis), une demoiselle qui affectionne les cours d’eau bien oxygénés et dépourvus de pollution, y a déjà été observé, tout comme l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), rencontrée sur certaines zones du cours d’eau. Bien que ses effectifs soient stables ici, l’espèce est à plus grande échelle vulnérable et en nette régression, ce qui lui vaut d’être classée à l´annexe II et V de la Directive « Habitats - Faune - Flore ».
Cette ZNIEFF dénommée « cours moyen du Douctouyre » s’étendant sur un linéaire d’environ 15 km correspond à la partie médiane du cours d’eau lui-même, ainsi qu’à un chevelu de petits affluents pour leur partie aval. Elle débute au niveau de Carla-de-Roquefort en amont pour se terminer à l’aval de la commune de Vira. La délimitation est basée sur la répartition des espèces phares de la ZNIEFF que sont le Desman des Pyrénées, la Loutre d’Europe, et l’Ecrevisse à pattes blanches, et intègre les liens fonctionnels qui existent entre la partie médiane du cours d’eau concernée par la ZNIEFF, et les extrêmes amont et aval du Douctouyre. Ces derniers font l’objet d’autres ZNIEFF, notamment pour l’aval, celle consacrée à l’Hers. Les parties amont des petits affluents sont quant à elles intégrées dans les ZNIEFF adjacentes de type « massif ». La ZNIEFF intègre le cours d’eau à proprement parler, additionné de 5 m de part et d’autre de celui-ci, occupés par des habitats utilisés par certaines des espèces concernées.
