La ZNIEFF de type 2 « Montcalm et Vicdessos » correspond à la partie sud du Vicdessos. Elle occupe un massif cristallin de la zone axiale de la chaîne pyrénéenne. Les 25 000 ha s’étendent de 580 à 3 107 m (pic du Montcalm), de l’étage collinéen à l’étage nival. Le climat est montagnard à influence océanique modérée par l’avancée des influences méditerranéennes. Les milieux et les paysages sont donc très diversifiés et répartis selon l’étagement de végétation classique des Pyrénées : forestiers (hêtraies dans le bas des vallées et pineraies d’altitude à l’étage subalpin), milieux rocheux, pelouses, landes et landines d’altitude, communautés des combes à neige. Un important réseau hydrographique avec de nombreux ruisseaux et étangs de montagne (lacs glaciaires et de barrages) caractérise aussi la zone. Elle est principalement constituée par deux vallées sensiblement parallèles : la vallée du Siguer et celle du Mounticou qui correspondent à deux ZNIEFF de type 1 : « Massif de Montcalm et haut Vicdessos », « Moyenne vallée de Vicdessos, Pic de Tristagne ». La zone présente une importante surface de falaises, d’éboulis et de milieux rocheux siliceux dont les différents faciès présents sur l’ensemble de la zone (notamment en fonction des expositions) sont des milieux très intéressants. La zone est également particulièrement intéressante pour les habitats humides et/ou tourbeux : bas-marais acides, faciès de tourbières hautes (buttes à sphaignes), tourbières de transition, mégaphorbiaies de type pyrénéo-ibérique le long des cours d’eau. Ces habitats fortement contraignants (d’un point de vue écologique) présentent un fort intérêt en tant qu’habitats d’espèces patrimoniales spécialisées, et aussi un intérêt fonctionnel important puisqu’ils jouent un rôle dans l’atténuation des effets de crues par stockage d’eau, ralentissement des ruissellements de surface. Les habitats d’altitude comme les communautés végétales des combes à neige à Carex-Gnaphalium, les landes à Loiseleuria ou les tapis à Dryas sont bien représentés sur la zone. Les habitats forestiers eux aussi primordiaux en tant qu’habitats d’espèces patrimoniales présentent des faciès intéressants, comme les forêts de pins de montagne à rhododendrons.
Au niveau floristique, plusieurs espèces rares et/ou menacées sont observées en lien avec la diversité des milieux. En ce qui concerne la flore de milieux humides, nous pouvons citer le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), le Lycopode inondé (Lycopodiella inundata) et l’Isoète à spores spinuleuses (Isoëtes echinospora), tous trois protégés au niveau national, la Linaigrette engainante (Eriophorum vaginatum), protégée en Midi-Pyrénées, ou encore le Rubanier à feuilles étroites (Sparganium angustifolium). Les cortèges de sphaignes sont eux aussi remarquables. Pour la flore des milieux rocheux, nous citerons entre autres des saxifrages (Saxifraga media, protégée au niveau régional ; Saxifraga geranioides ; Saxifraga pentadactylis...), le Céraiste des Pyrénées (Cerastium pyrenaicum), protégé régionalement, et la Potentille des régions froides (Potentilla frigida). Au niveau faunistique, la zone est d’un intérêt majeur pour différents groupes. Le Lézard des Pyrénées d’Aurelio (Iberolacerta aurelioi), espèce endémique des Pyrénées ariégeoises, est présent sur la zone. L’avifaune est bien représentée avec entre autres la présence des 3 espèces de galliformes de montagne : Perdrix grise de montagne (Perdix perdix hispanicus), Grand Tétras (Tetrao urogallus) et Lagopède alpin (Lagopus mutus). La ZNIEFF est une zone importante de reproduction pour ces trois espèces inscrite à la directive « Oiseaux ». Les grands rapaces pyrénéens emblématiques occupent également la zone (Ailge royal notamment). En ce qui concerne les mammifères, nous pouvons citer des espèces patrimoniales comme le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), espèce endémique de la chaîne, et la Loutre d’Europe (Lutra lutra). Ces deux espèces sont protégées aux niveaux national et européen (annexe II de la directive « Habitats » et de la convention de Berne). L’entomofaune est également riche d’éléments patrimoniaux, en particulier chez les rhopalocères (papillons de jour) avec des espèces comme l’Azuré du serpolet (Maculinea arion), l’Azuré de la croisette (Maculinea rebelli) ou encore la sous-espèce pyrénéenne de l’Apollon (Parnassius apollo pyrenaica). Ces trois espèces sont protégées nationalement.
La ZNIEFF de type 2 de « Montcalm et Vicdessos » correspond à la partie la plus au sud de la région du Vicdessos, et constitue une entité biogéographique homogène. Elle correspond aux vallées orientées sud-nord du ruisseau de Siguer et du ruisseau de Mounticou. Ses limites correspondent pour la partie sud aux crêtes frontalières avec l’Espagne et avec l’Andorre ; au nord, à la ligne de crête dominée par le pic Rouge de Bassiès et au ruisseau de Vicdesssos ; à l’est, à la ligne de crête entre les vallées du Siguer et de l’Aston. La zone correspond aux ZNIEFF de type 1 : « Massif de Montcalm, haut Vicdessos » et « Moyenne vallée de Vicdessos ».