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La ZNIEFF correspond à la portion du lit majeur de la rivière le Lez comprise entre Les Bordes-sur-Lez (altitude : 570 m) et sa confluence avec le Salat à Saint-Girons (390m). Elle comprend aussi une partie des petits affluents du Lez dans cette zone. Elle constitue ainsi une portion du réseau hydrographique du bassin versant du Lez, donc du Salat (bassin versant de la Garonne). Le Lez est une rivière très abondante avec un régime principalement nival. Le cours d’eau sur une bonne partie de son linéaire traverse des zones urbanisées. Il est bordé en majorité par un cordon de ripisylve, d’habitats humides (mégaphorbiaies, prairies humides...) et de zones de cultures agricoles traditionnelles : prairies avec un réseau de haies encore présent. De nombreux ouvrages entravent son fonctionnement tout au long de cette partie.
Dans cette partie de son linéaire, le Lez et ses petits affluents accueillent plusieurs espèces déterminantes : le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), une espèce semi-aquatique à haute valeur patrimoniale (protection et liste rouge nationales, annexe II de la directive « Habitats-Faune-Flore » en particulier) et endémique de la chaîne pyrénéenne ; un cortège de poissons des ruisseaux et rivières de piémont qui comprend le Vairon (Phoxinus phoxinus), le Chabot (Cottus sp.) et la Loche franche (Barbatula sp.). Cet assemblage d’espèces et plus particulièrement la présence du Chabot témoignent d’une bonne qualité d’eau. Si la Loutre d’Europe n’est pas mentionnée sur la zone, elle y est fortement pressentie, cela d’autant plus qu’il s’agit d’une espèce en expansion depuis plusieurs années et qu’elle est présente plus en aval sur le Salat. Pour la flore, une localité de Scirpe des marais (Eleocharis palustris) est connue.
Concernant les habitats, le complexe d’habitats riverains avec ses ripisylves, bancs de graviers, mégaphorbiaies et prairies humides est important pour les espèces mais aussi dans la régulation des événements hydrologiques comme les crues. La zone est directement connectée avec les ZNIEFF « Partie médiane du Lez [...] » plus en amont, et à la ZNIEFF « Le Salat et le Lens » plus en aval. Elle constitue ainsi un élément écologique majeur dans le fonctionnement hydrologique des cours d’eau de la zone, ainsi que dans le fonctionnement et la dynamique des populations des espèces animales qu’elle abrite (habitat, zone de chasse et de reproduction, corridor).
La ZNIEFF correspond à la portion du Lez comprise entre Les Bordes-sur-Lez en amont et sa confluence avec le Salat à Saint-Girons. Elle comprend aussi la partie aval des petits tributaires (leur partie amont étant comprises dans des ZNIEFF de type « massif »). La présence du Desman des Pyrénées est attestée sur une grande partie de ce réseau. De façon générale, la zone comprend 5 m de part et d’autre du lit mineur. Elle est localement étendue aux habitats riverains susceptibles d’être utilisés par le Desman sur les tronçons qui ont fait l’objet d’observations de cette espèce. La partie du Lez directement en amont de cette zone est comprise dans la ZNIEFF : « Partie médiane du Lez [...] », l’aval faisant l’objet de la ZNIEFF : « Le Salat et le Lens ».
