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La ZNIEFF abrite un ensemble de milieux, une faune et une flore typiques des zones de montagne des Pyrénées centrales. Le climat est de type montagnard à régime atlantique, avec des précipitations annuelles de plus de 1 000 mm, l’ensemble étant modulé par le relief et l’altitude. Au niveau géologique, on observe une alternance de faciès pélitiques, schisteux et calcaires. Le fort gradient altitudinal, associé aux diversités topographiques, lithologiques et climatiques engendre une grande diversité de paysages et de milieux. L’étage collinéen correspond aux prairies de fauche et prairies pâturées, dont l’abandon entraîne la transformation progressive en landes à fougères et en taillis de Noisetier. On y rencontre également des frênaies-chênaies de bas de versants humides, en bordure des cours d’eau. L’étage montagnard est essentiellement forestier avec des hêtraies pures majoritaires et quelques sapinières. La limite supérieure de la forêt voit l’apparition d’une frange de bouleaux et de landes à callunes et à genêts ainsi que de landes à myrtilles. L’étage subalpin est marqué par la dominance des landes et des pelouses. Cette zone est marquée par la présence d’un pâturage extensif favorisant le maintien des pelouses. À l’étage alpin, les combes à neige présentent des communautés végétales originales différentes selon la nature du substrat calcaire ou schisteux. Les falaises et les éboulis sont aussi très présents sur la zone.
Au niveau des milieux, l’intérêt de la zone est important. On y retrouve : des sources pétrifiantes avec dépôt de calcaire, abritant une communauté végétale très spécialisée, dominée par les bryophytes (habitat jugé prioritaire pour sa conservation au niveau européen) ; les frênaies-chênaies et chênaies-charmaies aquitaniennes situées de façon générale dans les fonds de vallons et les versants froids et humides, la hêtraie acidiphile très répandue et la hêtraie calcicole à l’étage montagnard, la forêt de pins à crochets qui est devenue rare en Ariège ; des landes à Rhododendron et landes à callunes et à genêts largement répandues aux étages montagnard et subalpin, ainsi que des landes à Myrtille et à genévriers ; des pelouses dominées par le Brachypode penné (Brachypodium pinnatum) sur de grandes surfaces de l’étage montagnard en exposition bien ensoleillée, des pelouses à Gispet (Festuca eskia) bien représentées aux étages subalpins et alpins, des pelouses alpines calcaires à Elyna et Laîche toujours verte (Carex sempervirens) aux étages subalpins et alpins et, moins répandues, des pelouses à Canche flexueuse (Deschampsia flexuosa) et Nard raide (Nardus stricta, habitat jugé prioritaire pour sa conservation au niveau européen lorsqu’il est riche en espèces) ; des zones tourbeuses d’intérêt (forêt domaniale du Castera) avec un complexe de micro-habitats tourbeux et humides déterminants : buttes à sphaignes, bas-marais, landes et bois humides – outre leur intérêt en tant qu’habitats d’espèces, ces milieux jouent un rôle important d’un point de vue fonctionnel ; des pelouses sèches sur calcaire riches en orchidées, de type Mesobromion, des pelouses sèches sur débris rocheux, des prairies de fauche de basse altitude et des prairies de fauche de montagne, tous étant des habitats de la directive « Habitats - Faune - Flore » ; des habitats rocheux bien représentés avec des éboulis et des falaises siliceux et calcaires, avec des communautés végétales particulières (Saxifragion mediae) ou accueillant les aires de rapaces patrimoniaux. Les grottes abritent une faune d’invertébrés très spécialisée avec un fort taux d’endémisme, et sont aussi le lieu de reproduction d’espèces de chauves-souris.
Sur le plan botanique, on retrouve de nombreuses espèces remarquables dont une bryophyte protégée au niveau européen (annexe II de la directive « Habitats ») : la Buxbaumie verte (Buxbaumia viridis), espèce sapro-lignicole rare au niveau mondial. Parmi les espèces protégées au niveau national, on observe : le Lycopode des Alpes (Diphasiastrum alpinum), le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia) et le Géranium cendré (Geranium cinereum). Quelques espèces sont protégées au niveau régional : la Gymnadénie odorante (Gymnadenia odoratissima), le Myosotis des Pyrénées (Myosotis corsicana subsp. pyrenaearum), la Fétuque de Bordère (Festuca borderei), la Pédiculaire rose (Pedicularis rosea), la Saxifrage intermédiaire (Saxifraga media) et le Pigamon à gros fruits (Thalictrum macrocarpum). Sur le plan faunistique, la zone est riche en espèces montagnardes et endémiques des Pyrénées. Parmi les mammifères, on observe le Desman des Pyrénées, indicateur de la qualité des cours d’eau, la Loutre d’Europe, ainsi que plusieurs espèces de chauves-souris sensibles au dérangement. Sur le plan ornithologique, la zone présente une grande richesse d’espèces montagnardes dont un certain nombre est protégé au niveau national ou international et d’importance au niveau européen. Parmi celles-ci, on peut notamment observer des espèces de rapaces comme le Faucon pèlerin, le Grand-duc d’Europe et le Vautour fauve dont la zone est importante pour leur conservation. Enfin, de nombreuses espèces déterminantes de mollusques, d’insectes, de vers et de crustacés cavernicoles sont présentes dans les grottes de la zone, avec pour ces espèces un taux d’endémisme élevé et une valeur patrimoniale importante aux échelles nationale et européenne.
D’un point de vue géographique, la zone s’étend sur l’ensemble des massifs du mont Valier et du Bouirex, sur la zone axiale de la chaîne pyrénéenne. Au sud, elle est délimitée par la crête frontière avec le val d’Aran. Elle s’étend à l’ouest jusqu’à la vallée du Lez puis celle de l’Orle, et à l’est jusqu’à la vallée du Salat. L’ensemble de la zone fait l’objet d’un réseau dense de données déterminantes d’habitats, de flore et de faune.
