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Le réseau hydrographique de l’Ariège, d’une longueur de 170 km, draine l’ensemble du relief situé au sud-est des départements de l’Ariège (09) et de la Haute-Garonne (31). Il s’agit d’un affluent en rive droite de la Garonne dont la confluence se situe à Portet-sur-Garonne (31). Après le défilé de Labarre à Foix, l’Ariège quitte le domaine pyrénéen pour gagner la plaine de Pamiers. Elle coule par la suite dans le département de la Haute-Garonne, le long de collines en bordure d’une large vallée, ne rencontrant que quelques petites barres rocheuses. D’un point de vue géologique, elle traverse des terrains d’origine éruptive et plutonique dans la zone pyrénéenne ainsi que des terrains d’origine métamorphique ; puis elle coupe les bancs calcaires et marneux de la région de Foix avant de traverser les grès et sables au niveau de Varilhes. Dans son cours inférieur, elle coule dans la plaine alluviale qui repose sur des molasses tertiaires.
La dynamique de la rivière fait que les lits mineur et majeur de l’Ariège montrent une diversité de milieux naturels importante. On remarque de beaux complexes d’habitats riverains : forêts riveraines de Saule blanc (Salicion albae), de type aulnaie-frênaie (Alnion glutinoso-incanae) dans la partie ariégeoise de la ZNIEFF. Dans la partie haute-garonnaise, un autre type de boisement apparaît : il s’agit de fragments de forêts de chênes, d’ormes et de frênes typiques des grands systèmes fluviaux médio-européens. La végétation herbacée riveraine de type mégaphorbiaie et les communautés végétales amphibies et aquatiques sont aussi bien représentées : groupement de petits potamots, végétation des bancs de graviers et des berges vaseuses, cariçaies à Carex pseudocyperus, roselières, etc. Un autre habitat remarquable de ce site correspond aux groupements de végétation liés aux sources d’eaux dures (alliance phytosociologique du Cratoneurion) qui se développent au niveau de résurgences d’eaux souterraines. Un des intérêts majeurs du site réside dans la présence de la Loutre d’Europe (Lutra lutra), présente sur tout le cours de l’Ariège en amont de Saint-Jean-de-Verges, et du Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), dont la présence est avérée entre Ax-les-Thermes et Tarascon-sur-Ariège. Un autre mammifère déterminant fréquente ces milieux humidex : le Putois (Mustela putorius). La faune piscicole est également importante avec la présence du Chabot (Cottus sp.) dans la partie amont, de la Loche franche (Barbatula sp.), du Vairon (Phoxinus phoxinus) et des grands migrateurs comme l’Anguille (Anguilla anguilla) et le Saumon atlantique (Salmo salar). La Lamproie de Planer (Lampetra planeri) est aussi présente au niveau de Pamiers.
Localement, dans des points d’eau stagnante en bordure de l’Ariège, on rencontre des amphibiens déterminants : le Triton marbré et le Pélodyte ponctué notamment.
Concernant la flore sont notées des espèces de milieux strictement aquatiques, humides ou riverains : l’Orme lisse (Ulmus laevis), présent de façon ponctuelle dans la ripisylve et ici en limite sud de son aire de répartition, le Souchet des marais (Eleocharis palustris), le Souchet des lacs (Schoenoplectus lacustris), l’Épiaire des marais (Stachys palustris), le Rubanier à feuilles étroites (Sparganium angustifolium), l’Épilobe à feuilles lancéolées (Epilobium lanceolatum), la Renoncule aquatique (Ranunculus aquatilis), l’Utriculaire commune (Utricularia vulgaris), protégée régionalement. Sur la partie amont de l’Ariège, sont également présentes des espèces rupicoles : l’Asarine couchée (Asarina procumbens) et le Centranthe de Lecoq (Centranthus lecoqii). Plus en aval, on peut avoir ponctuellement dans les boisements riverains des espèces à affinités méditerranéennes comme l’Alaterne (Rhamnus alaternus). Sur les coteaux secs et de certaines parcelles cultivées bordant l’Ariège se rencontrent ponctuellement des espèces typiques de ces milieux : la Lavande à larges feuilles (Lavandula latifolia) et le Ciste à feuilles de sauge (Cistus salviifolius).
La zone correspond à la rivière « Ariège » d’Ax-les-Thermes jusqu’à sa confluence avec la Garonne. Elle comprend la ZNIEFF de type 1 : « Cours de l’Ariège » à laquelle s’ajoutent certains bras secondaires, des ramiers et des habitats constituant le lit majeur (en particulier ripisylves et prairies). L’amont fait l’objet d’une autre ZNIEFF
