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La ZNIEFF des Gorges de la boralde Flaujaguèse se situe au nord-ouest de l’Aveyron, entre la vallée du Lot et le plateau de l’Aubrac, elle se trouve d’ailleurs sur le territoire du Parc naturel régional de l’Aubrac. Elle délimite la partie sud (414 hectares) de la boralde Flaujaguèse ruisseau descendant de l'Aubrac et se jetant dans le Lot en amont d'Espalion. C'est une vallée forestière très encaissée dans laquelle existent quelques affleurements rocheux.
En raison du relief de la vallée, le site est très difficile d’accès, induisant une tranquillité pour la faune qui s’y reproduit. Les versants sont, pour l’essentiel, constitués de forêts de feuillus parfois entrecoupées d’affleurements rocheux. La qualité de l’eau de la boralde, comme celle de tous les ruisseaux venant de l’Aubrac, est bonne.
Les affleurements rocheux présents dans la vallée permettent la nidification de rapaces rupestres. Ainsi, un couple de Faucon pèlerin (Falco peregrinus) s'y reproduit depuis 1996 avec succès. Le Grand-Duc d'Europe (Bubo bubo) niche également sur le site. La nidification du Grand corbeau est également suspectée mais n’a pour l’instant pas été confirmée. Les forêts abritent le Pic mar (Leiopicus medius) qui se trouve ici en limite de son aire de répartition nationale. Le Pouillot siffleur (Phylloscopus sibilatrix), malgré une grande diminution de son aire de répartition en Aveyron ces dernières années, est toujours présent dans ces versants boisés. Les observations de rapaces forestiers tels que le Milan royal (Milvus milvus) et l’Epervier d’Europe (Accipiter nisus) sont régulières dans ce secteur, mais leur reproduction n'a pas été prouvée. Les milieux présents sont néanmoins favorables à la nidification de ces espèces. On retrouve également le cortège des passereaux forestiers tels que le Pinson des arbres (Fringilla coelebs), la Sittelle torchepot (Sitta europaea), le Pigeon Ramier (Columba palumbus) ou bien le Grimpereau des jardins (Certhia brachydactyla).
Enfin, comme sur la plupart des rivières et ruisseaux du nord de l'Aveyron, la Loutre d'Europe (Lutra lutra) est bien présente sur le site, comme le démontrent les indices de présence (notamment des épreintes) découverts ces dernières années.
Le zonage ne prend en compte que les milieux forestiers de la partie sud de la boralde Flaujaguèse. La limite du site est donc fixée par la nature des milieux (secteurs escarpés et milieux forestiers).
