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Il s’agit de la partie médiane du cours du Lot qui prend sa source sur les hauteurs de la Lozère et va se jeter dans la Garonne au niveau du département du Lot-et-Garonne. Cette partie de rivière serpente dans une vallée parfois encaissée, taillée dans des roches acides où le schiste domine. Même si la vallée est utilisée pour les activités humaines, les versants pentus sont souvent boisés avec des escarpements rocheux apparents. Le climat atlantique est dominant, mais des affinités plus chaudes et sèches sont présentes sous l’influence d’expositions sud et de sols peu profonds. La rivière et ses affluents sont des éléments importants du paysage, partagé entre le bocage, la forêt de feuillus et un habitat diffus. Peu de plantations de résineux et de cultures intensives sont présentes.
Le Lot et ses affluents constituent un habitat important pour plusieurs espèces de poissons comme le Toxostome, le Chabot, l’Anguille ou l’Écrevisse à pattes blanches. Sur le Lot sont présents de remarquables herbiers flottants, ainsi que des bancs de graviers et des îlots, où une forêt alluviale se développe, comme sur les berges. Cet habitat est favorable à la Loutre d’Europe, bien présente sur le site, et à diverses espèces de chauves-souris comme le Petit Rhinolophe, ou de flore tout à fait remarquables ou rares comme la Dorine à feuilles alternes (Chrysosplenium alternifolium), la Balsamine des bois (Impatiens noli-tangere) ou la Gagée jaune (Gagea lutea). Un coléoptère longicorne spécifique, Lamia textor, utilise les souches d’arbres de la ripisylve pour son développement. Sa présence témoigne d’un bon état de conservation et d’une continuité dans le temps de la ripisylve. Quelques landes et pelouses sèches, de plus en plus restreintes et parfois colonisées par les ligneux, accueillent des espèces plus thermophiles comme le Lézard ocellé, le Muflier à grandes fleurs (Antirrhinum majus), le Bolet Boletus legalilae, ou de milieux ouverts comme l’Alouette lulu. Dans les bocages encore bien conservés et surtout présents sur les bords de versants se trouvent des espèces en déclin comme la Huppe fasciée ou les rhinolophes. Les versants couverts de feuillus permettent la nidification de rapaces rares comme l’Aigle botté ou le Circaète Jean-le-Blanc, et le développement de champignons comme Cortinarius lagus. Les affleurements rocheux sont utilisés par le Faucon pèlerin ou le Grand-Duc d’Europe. Quelques grottes ou anciennes mines sont aussi utilisées par les chauves-souris. Elles jouent un rôle important pour l’hibernation, dans un secteur assez pauvre en cavités souterraines.
La rivière Lot est fortement perturbée par la présence de retenues hydroélectriques. En revanche, les pratiques agricoles et forestières actuelles permettent un bon état de conservation et de fonctionnement des autres milieux. L’impact des mines de Decazeville, en aval du site, s’estompe avec le temps.
Les limites du site correspondent aux principaux versants pouvant avoir une influence sur la rivière Lot, mais étant aussi moins perturbés par l’agriculture ou la sylviculture.
