La boralde de Flaujac est la plus importante de toutes les boraldes du département. Petite rivière à Curières, elle entreprend une rapide descente dans une vallée étroite et profonde. Dans le bois d’Aunac, elle est grossie par deux ruisseaux importants : le Ménépeyre et la boralde de la Poujade. Vers l’abbaye de Bonneval, l’eau de la boralde est captée par un barrage et, dans une conduite forcée, elle va produire du courant dans une micro-centrale. Elle se jette ensuite dans le Lot au niveau d’Espalion. La ZNIEFF englobe l’ensemble de la vallée forestière, qui est très encaissée et dans laquelle existent quelques affleurements rocheux.
En raison du relief de la vallée, le site est très difficile d’accès, induisant une tranquillité pour la faune qui s’y reproduit. Les versants sont, pour l’essentiel, constitués de forêts de feuillus entrecoupées parfois d’affleurements rocheux. La qualité de l’eau de la boralde, comme celle de tous les ruisseaux venant de l’Aubrac, est bonne. Par ailleurs, la ZNIEFF est également composée de milieux ouverts dont un habitat est déterminant : il s’agit des prairies de fauche de montagne.
Les affleurements rocheux présents dans la vallée permettent la nidification de rapaces rupestres. Ainsi, un couple de Faucon pèlerin s’y reproduit depuis 1996 avec succès. Le Grand-Duc d’Europe niche également sur le site, et y est observé depuis 1998. Les forêts abritent le Pic mar. Il est intéressant de signaler que le Pouillot siffleur (Phylloscopus sibilatrix), malgré une grande diminution de son aire de répartition en Aveyron ces dernières années, est toujours présent dans ces versants boisés. Comme sur la plupart des rivières et ruisseaux du nord de l’Aveyron, la Loutre d’Europe est bien présente sur le site, comme le démontrent les indices de présence (notamment des épreintes, des coulées et des traces) découverts ces dernières années. Ce milieu de vie est également favorable au Chabot, une petite espèce de poisson caractéristique des eaux fraîches et vives des cours d’eau en tête de bassin. D’un point de vue floristique, le site permet la présence de plusieurs espèces rares et/ou protégées. Une station de Dorine à feuilles alternes (Chrysosplenium alternifolium) est recensée en amont de la boralde en bordure de sources et de ruisselets. Dans les zones rocheuses telles que les rocailles, les éboulis et autres chaos rocheux, on peut observer la Joubarbe d’Auvergne (Sempervivum tectorum subsp. arvernense), endémique du Massif central et protégée en Midi Pyrénées, la Joubarbe araignée (Sempervivum arachnoideum) ainsi que le Dryoptéris des montagnes (Dryopteris oreades).
Le zonage prend en compte l’ensemble de la vallée de la boralde de Flaujac (ruisseaux et versants boisés) ainsi que ses affluents. La limite du site est donc fixée par la nature des milieux (secteurs escarpés et milieux forestiers).