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Le site se trouve dans le bassin versant de la Garonne en aval de Toulouse, sur un secteur où le fleuve a relativement bien conservé sa divagation naturelle, mais également où l’espace est gagné par les cultures à fort rendement et l’urbanisation.
L’intérêt du site repose sur la présence d’une importante colonie de mise bas de chauves-souris (Murin à oreilles échancrées) dans le village de Saint-Aignan. Ce gîte est un des plus importants qui soit connu pour la reproduction de cette espèce dans la région. Les boisements associés autour du village sont des zones potentielles de chasse ainsi que d’émancipation des jeunes. Cette espèce fréquente particulièrement les boisements rivulaires pour chasser ainsi que les haies et alignements d’arbres pour ses déplacements.
Les principales menaces sont l’altération et la disparition des terrains de chasse des chauves-souris (abattage de haies, conversion de boisements en cultures, arasement de la ripisylve, utilisation des pesticides) et la destruction directe du gîte.
Les contours de la ZNIEFF correspondent au domaine vital de la colonie de mise bas du Murin à oreilles échancrées située dans le village de Saint-Aignan (zones potentielles d’émancipation des jeunes et de chasse). Cette espèce de chauve-souris a de fortes affinités avec les boisements rivulaires où elle chasse les insectes pour se nourrir. Les alignements d’arbres, y compris ceux des vergers présents sur la ZNIEFF, sont également exploités comme corridors de déplacement entre le gîte et les terrains de chasse. Le domaine vital comprend aussi les bords de Garonne, qui sont inclus par ailleurs dans les ZNIEFF « Garonne, aval » de type 1 et de type 2.
