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La Lupte, qui prend sa source dans les serres de Saint-Paul-de-Loubressac et qui se jette dans le Lemboulas près de Lafrançaise, présente encore, au pied des bastides de Castelnau-Montratier et Flaugnac, une belle série de prairies naturelles.
Le paysage bocager s’est considérablement réduit avec l’arrachage de la plupart des haies qui séparaient autrefois les parcelles. Seule subsiste une double rangée d’arbres qui borde la rivière. Sur près de 6 km, les prairies naturelles, fauchées pour la plupart, mais aussi pâturées par des bovins, se succèdent en alternance avec des cultures. Ces prairies ont été inventoriées au cours de la période de floraison de la Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris), et elles mériteraient sans doute d’être étudiées de manière plus approfondie pour mieux définir leur appartenance phytosociologique. Certaines appartiennent aux prairies de fauche atlantiques du Brachypodio rupestris-Centaureion nemoralis et aux prairies humides atlantiques et subatlantiques. La liliacée, spécifiquement recherchée lors des prospections, s’accommode aussi de prairies pâturées. Il semblerait qu’après le retournement du sol, la Fritillaire pintade soit capable de survivre, et même de fleurir si le sol n’est pas retourné chaque année (un cas de floraison abondante observé dans une friche de la haute vallée de la Grande Barguelonne). La population de cette plante a été estimée entre 5 000 et 50 000 pieds sur l’ensemble des prairies concernées par la zone. C’est la plus grosse population lotoise après celle de la partie amont de la vallée du Lemboulas. Les prairies qui hébergent cette espèce courent toutes le risque d’être retournées pour être mises en culture dans un avenir proche : cela sonnerait alors le glas de cette population que l’on peut déjà considérer comme relictuelle par rapport à ce qu’elle devait être avant la mutation agricole du Quercy blanc. La Fritillaire pintade est d’ailleurs protégée dans le département voisin du Tarn-et-Garonne, c’est- à-dire à quelques kilomètres de la zone décrite ici. Il faut noter que cette liliacée n’est connue dans le Lot que des formations herbacées du Quercy blanc : elle est totalement absente au nord de la vallée du Lot. Ces prairies humides abritent aussi l’Orchis des Charentes (Dactylorhiza elata subsp. sesquipedalis).
Un papillon d’intérêt communautaire et protégé en France est également connu sur le site. Il s’agit du Cuivré des marais (Lycaena dispar), qui affectionne les prairies humides où pousse sa plante hôte (Rumex sp.). Cependant, ce papillon a été observé il y a déjà plus de 12 ans sur le site et des inventaires complémentaires seraient nécessaires pour préciser sa répartition et confirmer la présence de populations.
Parmi les autres éléments du patrimoine naturel présents ou potentiellement présents sur cette portion de vallée, on peut citer la Courtilière commune (Gryllotalpa gryllotalpa), le Criquet des roseaux (Mecostethus parapleurus), le Putois d’Europe (Mustela putorius), qui occupent les quelques zones humides un peu en amont de ce site sur la Lupte. Chez les orthoptères, le Criquet tricolore (Paracinema tricolor), également lié aux zones humides et connu plus en aval, serait à rechercher. Des communautés bryophytiques du Cratoneurion forment en quelques points de la rivière des barres tuffeuses. Cet habitat ponctuel d'intérêt patrimonial apporte sans conteste une valeur supplémentaire à cette zone.
Citons enfin la présence de l’Alyte accoucheur (Alytes obstetricans), amphibien menacé mais encore assez bien représenté dans le département du Lot, qui se reproduit potentiellement dans quelques petits plans d’eau du site.
Cette zone, peu étudiée, présente un bon potentiel pour des espèces prairiales d’intérêt patrimonial, et abrite une des plus belles populations de Fritillaire pintade du Lot. Elle est néanmoins en sursis, si les pressions d’usage des sols ne s’inversent pas dans les années à venir.
La zone est cantonnée à une portion de la vallée de la Lupte riche en prairies naturelles. Elle incorpore donc prioritairement ces formations herbacées qui abritent la Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris), et évite les cultures. Ces prairies sont toutes liées à la présence de la rivière et de ses affluents : les limites de la zone suivent parfois le linéaire de ces cours d’eau lorsqu’ils ne sont entourés que de cultures.
