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Située dans la vallée de la Bellongue, au sud-ouest de l’Ariège, cette ZNIEFF comprend le lit majeur de la Bouigane ainsi que l’ensemble de ses affluents depuis Saint-Lary jusqu’à sa confluence avec le Lez à Audressein. Dans la partie amont de la vallée de la Bellongue, l’élevage ovin est la principale activité agricole ; les surfaces agricoles sont donc essentiellement des prairies naturelles. Conséquence de la forte déprise agricole qui caractérise ce secteur, les zones latérales les plus pentues se ferment progressivement pour laisser place à la forêt. Les paysages de la basse Bellongue, en aval d’Aucazein, se rapprochent davantage de ceux de la vallée du Lez qui lui fait suite : pentes plus douces, et présence de zones de cultures plus importantes (dont le maïs). La présence du Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), petit mammifère endémique des Pyrénées et du quart nord-ouest de la péninsule Ibérique, est attestée sur l’ensemble du linéaire de la Bouigane. Il semble que la très bonne qualité des eaux de cette rivière convienne parfaitement à cette espèce très exigeante.
Parmi les mammifères, la Loutre est une espèce fortement pressentie sur la zone mais sa présence reste à montrer. La Bouigane a été le premier cours d’eau de l’Ariège dont la totalité des ouvrages hydrauliques (formant des obstacles à l’écoulement) ont été équipés de passes à poissons. La continuité écologique est donc entièrement rétablie sur l’axe principal. Le résultat en termes de déplacement et de colonisation des zones de frayères potentielles s’est fait rapidement ressentir pour la Truite fario (Salmo trutta), les surfaces occupées par les géniteurs ayant sensiblement augmenté. La déprise rurale est de plus en plus importante sur l’ensemble des zones latérales du bassin versant, les exploitations agricoles n’étant pas reprises. Il en résulte la fermeture progressive de ces zones : les ruisseaux affluents sont de plus en plus recouverts par une voûte végétale épaisse (frênes, noisetiers) qui réduit très fortement l’ensoleillement une bonne partie de l’année, et par conséquent la photosynthèse. La chaîne alimentaire s’en trouve très impactée.
La ZNIEFF correspond à la portion de la Bouigane ainsi qu’à l’ensemble de ses affluents à partir de Saint-Lary, et jusqu’à sa confluence avec le Lez à Audressein. Ce réseau hydrographique a été identifié comme abritant le Desman des Pyrénées. En amont de Saint-Lary, la Bouigane est intégrée dans la ZNIEFF « Sud de la vallée de la Bellongue », de même que la source de certains de ses affluents en rive droite. Le Lez fait quant à lui l’objet d’une ZNIEFF séparée. De façon générale, la zone comprend le lit mineur, localement étendu aux habitats riverains susceptibles d’être utilisés par le Desman des Pyrénées sur les tronçons qui ont fait l’objet d’observations de cette espèce.
