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Situées à la jonction du Comminges, des coteaux de Gascogne et du Volvestre, aux confins des départements de la Haute-Garonne et de l’Ariège, les Petites Pyrénées s’étendent de part et d’autre de la vallée de la Garonne. Relief calcaire d’orientation ouest /nord-ouest - sud /sud-est et d’altitude modeste (point culminant : tour d’Ausseing, 628 m), elles constituent le prolongement occidental du chaînon ariégeois du Plantaurel. Placées sous influence climatique atlantique et subissant un certain effet de blocage orographique pyrénéen (flux cycloniques d’ouest et nord-ouest), les Petites Pyrénées reçoivent des précipitations généreuses, réparties assez régulièrement tout au long de l’année (déficit estival plus ou moins marqué). C’est un pays verdoyant, dominé par les forêts caducifoliées et les prairies naturelles serties de haies bocagères. Du fait de l’orientation générale ouest-est des plis calcaires qui les constituent, elles présentent localement d’importantes surfaces à la fois généreusement ensoleillées (versants pâturés exposés plein sud) et vigoureusement drainées (pente sensible, roche mère très perméable). Ces deux variables physiques se conjuguent pour générer des microclimats édapho-topographiques secs et chauds auxquels sont adaptés de nombreux taxons à affinités méditerranéennes, qui s’y maintiennent en situation de disjonction ou de limite aréale dans un contexte macro-climatique atypique. Ainsi, dès le début du XXe siècle, des phytogéographes, tel Henri Gaussen, ont porté à connaissance l’originalité floristique des Petites Pyrénées, et souligné la surprenante présence à cet endroit de végétaux tels que l’Érable de Montpellier (Acer monspessulanum), la Leuzée conifère (Leuzea conifera) ou le Genêt scorpion (Genista scorpius). Bien plus tard, dans le courant des années 1990 et au début des années 2000, plusieurs inventaires de flore et de faune ont eu lieu dans cette zone, qui ont conduit à de nombreuses découvertes et ont largement confirmé sa singularité biogéographique. Notamment, deux remarquables reptiles méridionaux y ont été signalés pour la première fois : le Seps strié et le Lézard ocellé, passés longtemps inaperçus du fait de leur discrétion. Très localisé en Midi-Pyrénées, le Seps strié n’existe dans la région de façon éparse que sur un axe Lauragais-coteaux du Mirepessin - Plantaurel - Petites Pyrénées - coteaux de l’Astarac, et sa présence est toujours liée à des habitats eux-mêmes localisés (pelouses sèches). À l’échelle nationale, les populations extra-méditerranéennes de cette espèce sont rarissimes (moins de cinq signalements en Charente-Maritime, Gironde et Landes), et la région Midi-Pyrénées héberge la quasi-totalité de l’effectif français hors Midi méditerranéen. Il s’agit de populations relictuelles, vestiges d’une présence continue Languedoc-Roussillon - Midi-Pyrénées - Aquitaine - Poitou-Charentes durant un épisode climatique favorable (historique et biogéographique très similaire à celui du Pélobate cultripède, et d’ailleurs semblable à celui de plusieurs taxons ibéro-maghrébins : Coronelle girondine, Lézard ocellé et Rainette méridionale). Moins localisé à l’échelle régionale (le Lot, l’Aveyron et le Tarn sont d’importants bastions de l’espèce) et plus largement distribué dans le Sud-Ouest que le Seps strié, le Lézard ocellé est en revanche incomparablement plus localisé que ce dernier sur le piémont des Pyrénées centrales françaises, où trois populations seulement sont actuellement connues, dont deux dans les Petites Pyrénées.
La ZNIEFF des « quères des Petites Pyrénées (partie nord) » est remarquable par ses versants en soulane très caractéristiques, riches en espèces à affinités méditerranéennes, qui hébergent des cortèges floristiques originaux comprenant entre autres le Genêt scorpion, la Stéhéline douteuse (Staehelina dubia), la Leuzée conifère, protégée en Haute Garonne, la Lavande à larges feuilles (Lavandula latifolia), l’Iris à feuilles de graminée (Iris graminea), protégé en région Midi-Pyrénées, et de très nombreuses orchidées. Ces stations hébergent également des espèces animales rares ou localisées en Midi-Pyrénées (le Seps strié et le Lézard ocellé, mais aussi plusieurs orthoptères, lépidoptères et mollusques...). Cette ZNIEFF comprend également quelques forêts qui permettent la reproduction de plusieurs espèces d’oiseaux peu communes tels le Pic mar et l’Aigle botté.
Du point de vue conservatoire, il importe de souligner le fait que la biodiversité des Petites Pyrénées est très étroitement liée aux pratiques agricoles encore non intensives ou peu intensives de cette zone. En effet, contrairement à de nombreux secteurs de coteaux dont la biodiversité est aujourd’hui sévèrement appauvrie par l’agriculture intensive (Lauragais, Lomagne, Lèze...), les paysages des Petites Pyrénées et les écosystèmes anthropiques de cette zone sont restés à peu près inchangés du fait des pratiques agricoles modérées qui y ont cours. Nul doute que les Petites Pyrénées deviendraient aussi peu attractives que les zones citées plus haut si l’agriculture venait à s’y intensifier. Ainsi, les cortèges à affinités méditerranéennes des versants sud calcaires apparaissent tributaires d’un pâturage assez régulier. Ce dernier est une condition sine qua non de l’intérêt écologique, faunistique et floristique des quères des Petites Pyrénées.
La ZNIEFF concerne les Petites Pyrénées en rive droite de la Garonne, pour leur partie la plus au Nord. Elle est centrée sur les milieux calcicoles xériques concentrant l’essentiel des espèces déterminantes. La délimitation intègre les milieux naturels les plus remarquables, tant en termes faunistiques que floristiques. L’ensemble est homogène d’un point de vue géomorphologique, et cohérent d’un point de vue écologique. La périphérie du site, sensiblement moins riche en enjeux naturels identifiés à l’heure actuelle fait l’objet de la ZNIEFF de type 2 : « Les Petites Pyrénées ».
