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La ZNIEFF correspond à la portion du lit majeur de la rivière le Lez comprise entre les communes de Sentein (confluence avec le ruisseau de l’Isard, altitude : 1 390 m) et des Bordes-sur-Lez (altitude : 580 m), dans la partie occidentale du département de l’Ariège. Elle comprend aussi l’ensemble des affluents de la partie médiane du bassin versant du Lez. Elle constitue ainsi une portion du réseau hydrographique du bassin versant du Lez et du Salat (bassin versant de la Garonne). Au niveau de Bonac, une retenue forme un petit lac. Le Lez est une rivière très abondante avec une forte pente dans cette partie et un régime principalement nival. Le cours d’eau est bordé en majorité par des habitats naturels humides (cordon de ripisylve, mégaphorbiaies et prairies humides), des habitats plus artificialisés avec des zones d’agriculture traditionnelle (prairies avec un réseau de haies encore présent) et des zones urbanisées. Dans cette partie de son linéaire, le Lez et son chevelu de petits affluents sont fréquentés par des populations de Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), espèce semi-aquatique endémique de la chaîne pyrénéenne, à haute valeur patrimoniale (protection et liste rouge nationales, annexe II de la directive européenne « Habitats-Faune-Flore » en particulier). Le complexe d’habitats riverains avec ses ripisylves, bancs de graviers, mégaphorbiaies et prairies humides est important pour les espèces spécialistes de ces milieux comme le Desman, mais aussi dans la régulation des événements hydrologiques comme les crues. La ZNIEFF des « partie médiane du Lez et affluents entre Sentein et Les Bordes-sur-Lez » est directement connectée avec les ZNIEFF correspondant aux lits mineur et majeur du Lez plus en aval, à sa partie amont incluse dans la ZNIEFF de la « vallée du Biros », ainsi qu’aux ruisseaux de cette même zone. Elle constitue ainsi un élément écologique majeur dans le fonctionnement hydrologique des cours d’eau du secteur, et dans le fonctionnement et la dynamique des populations des espèces animales qu’elle abrite (habitat, zone de chasse et de reproduction, corridor). Cet aspect est aussi à considérer dans le contexte actuel du fort retour de la Loutre d’Europe (Lutra lutra) dans les cours d’eau pyrénéens.
La ZNIEFF correspond à la portion des lits mineur et majeur du Lez comprise entre les communes de Seintein à l’amont, à partir de la confluence avec le ruisseau de l’Isard, et Les Bordes-sur-Lez à l’aval, au lieu dit « le Pont ». Elle comprend aussi tous les petits affluents de la partie médiane du bassin versant du Lez. La présence du Desman des Pyrénées est attestée sur une grande partie de ce réseau. De façon générale, la zone comprend 5 m de part et d’autre du lit mineur. Elle est localement étendue aux habitats riverains susceptibles d’être utilisés par le Desman sur les tronçons qui ont fait l’objet d’observations de cette espèce. La partie amont du réseau hydrographique du Lez est comprise dans la ZNIEFF de la « vallée du Biros » ; l’aval fait l’objet de la zone « Lez et affluents ».
