Ce très vaste ensemble linéaire délimite l’espace fonctionnel formé par le cours moyen du Rhône (depuis Lyon jusqu’à Pierrelatte), ses annexes fluviales : « lônes » (milieux humides annexes alimentés par le cours d’eau ou la nappe phréatique, correspondant souvent à d’anciens bras du fleuve) et « brotteaux » installés sur les basses terrasses alluviales», son champ naturel d’inondation…
Il englobe le lit majeur dans ses sections restées à l’écart de l’urbanisation, et le lit mineur du fleuve y compris dans la traversée des agglomérations, dont celle de Lyon.
Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux du Bassin Rhône-Méditerranée-Corse identifie à l’échelle du bassin plusieurs tronçons de la moyenne vallée du Rhône parmi les milieux aquatiques remarquables au fonctionnement altéré.
Il souligne également l’importance d’une préservation des liaisons physiques pour garantir le bon fonctionnement des milieux, la libre circulation des poissons entre le fleuve et certains de ses affluents (Drôme, Roubion, Lez, Eygues…).
Il fixe comme objectif, à travers le plan migrateur, la restitution d’une voie générale de circulation de la faune aquatique (Anguille jusqu’à Lyon, Alose feinte du Rhône, puis Lamproies marine et fluviatile jusqu’à l’Ardèche. L’objectif guide, à l’horizon 2010, est le retour des frayères historiques de l’Alose (Auxonne sur la Saône, région de Belley sur le Haut-Rhône).
Il propose également des objectifs ambitieux de réduction des pollutions.
Outre la faune piscicole, le Rhône et ses annexes conservent un cortège d’espèces remarquables tant en ce qui concerne les insectes (avec une grande richesse en libellules : le secteur est notamment un « vivier » remarquable pour l’Agrion de Mercure ou le Sympetrum à corps déprimé) que les mammifères (Castor d’Europe) ou l’avifaune (colonies d’ardéidés, Sterne pierregarin).
Certaines sections sont par ailleurs inventoriées au titre des Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO), comme à la Platière. La vallée constitue en outre un axe migratoire majeur pour l’avifaune.
Les formations forestières alluviales conservent de précieuses reliques, et l’on dénombre des plantes remarquables (Cornifle submergé, orchidées telles que la Spiranthe d’automne, l’Epipactis du Rhône ou l’Orchis à longues bractées, cette dernière espèce actuellement en cours d’expansion…Quant à l’Epipactis du Castor, elle n’a été décrite que très récemment, et n’est connue que des terrasses alluvionnaires du Rhône moyen).
Enfin, le site est concerné par une importante nappe phréatique, dont il faut rappeler qu’elle recèle elle-même une faune spécifique. Il s’agit d’un peuplement à base d’invertébrés aquatiques aveugles et dépigmentés. Ainsi, 45% des espèces d’Hydrobiidae (la plus importante famille de mollusques continentaux de France avec une centaine de taxons : Moitessieria, Bythinella…) sont des espèces aquatiques qui peuplent les eaux souterraines et notamment les nappes.
La biodiversité, qui tend dans ce domaine à augmenter fortement autour du bassin méditerranéen, est considérée comme importante dans la nappe de la moyenne et surtout de la basse vallée du Rhône.
Le zonage de type II traduit les fortes interactions (notamment d’ordre hydraulique) liant les divers éléments de cet ensemble, au sein duquel les secteurs biologiquement les plus riches sont retranscrits par plusieurs zones de type I (îles, lônes, secteurs de brotteaux, confluences…).
Il souligne également particulièrement les fonctionnalités naturelles :
- celles de nature hydraulique (champ d’expansion naturelle des crues, protection de la ressource en eau) ; les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive,
- celles liées à la préservation des populations animales ou végétales, en tant que zone de passages et d’échanges entre le fleuve et les réseaux affluents pour ce qui concerne la faune piscicole, zone d’alimentation ou de reproduction pour de nombreuses espèces, dont celles précédemment citées.
L’ensemble, bien que souvent fortement transformé par l’urbanisation et les aménagements hydrauliques, conserve par ailleurs un intérêt paysager, géomorphologique (morphodynamique fluviale) et phytogéographique, compte-tenu des échanges biologiques intenses qui se manifestent ici, au seuil du domaine méditerranéen.