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Le complexe écologique formé par les “ lônes ” (bras du Rhône), les îles, les “ brotteaux ”, les gravières et les bassins de Jonage constitue un ensemble fonctionnel remarquable.
L’intérêt de cet ensemble vaut pour la faune piscicole (Brochet, Lote de rivière, Bouvière, Carassin, Chabot, Toxostome, voire Ombre commun…), l’avifaune (colonies d’ardéidés, fauvettes paludicoles dont la Bouscarle de Cetti, nombreuses espèces hivernantes notamment en période de gel prolongé sur les étangs de la Dombes, Pic cendré…), les chiroptères, les populations de Castor d’Europe, les batraciens (Pelodyte ponctué, Rainette verte et méridionale…) aussi bien que pour les libellules.
La flore reste dans l’ensemble également très diversifiée, qu’il s’agisse des terrasses sèches (orchidées dont l’Orchis à odeur de vanille, Micropus dressé, Liseron des Monts Cantabriques, Leuzée à cônes, Pulsatille rouge…), des berges exondées (Inule des fleuves), des lônes (Cornifle nageant, Pesse d’eau, Hottonie des marais…) ou des galeries forestières bordant les cours d’eau, ou ripisylve (Spiranthe d’Automne, Epipactis du Rhône…).
Transformé de longue date par les travaux hydrauliques et les extractions de granulats, objet d’une fréquentation intense par le public (notamment le parc de Miribel-Jonage), le secteur a depuis lors fait l’objet de travaux de réhabilitation écologique démonstratifs, et se prête particulièrement à l’éducation du public à l’environnement.
Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux du Bassin Rhône-Méditerranée-Corse identifie à l’échelle du bassin la zone de Miribel-Jonage parmi les « milieux aquatiques remarquables au fonctionnement altéré ».
Il propose des objectifs ambitieux en matière de restauration des voies de circulation pour les poissons migrateurs du bassin (qu’ils soient amphihalins tels que l'Alose feinte du Rhônes dont des frayères étaient connues à l’amont jusque sur le Haut-Rhône, ou strictement d’eau douce) et de la qualité écologique du fleuve tout entier, tant sur le plan chimique que physique.
Le zonage de type II souligne les multiples interactions existant au sein de cet ensemble, dont les espaces les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont retranscrits à travers un fort pourcentage de zones de type I (lônes, milieux alluviaux, bassins, prairies….).
Il souligne également particulièrement les fonctionnalités naturelles :
- celles de nature hydraulique (champ d’expansion naturelle des crues, protection de la ressource en eau),
- celles liées à la préservation des populations animales ou végétales, en tant que zone de passages et d’échanges entre le fleuve et les réseaux affluents (pour ce qui concerne la faune piscicole), étape migratoire, zones de stationnement, dortoirs pour l’avifaune, zone d’alimentation ou de reproduction pour de nombreuses espèces (frayères à Brochet…), dont celles précédemment citées. Dans un contexte périurbain, la zone constitue un large corridor écologique autour du fleuve et de ses annexes, associant zones humides et landes sèches : la délimitation adoptée souligne l’intérêt d’une bonne connexion de ces différents milieux.
L’ensemble présente par ailleurs un intérêt géomorphologique (morphodynamique fluviale), mais aussi scientifique, récréatif et pédagogique compte-tenu de la proximité immédiate de l’agglomération lyonnaise et de ses établissements universitaires.
