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Le massif du Chablais appartient aux « Préalpes » au sens géologique du terme. Ceci signifie qu’en dépit de sa position périphérique, une grande partie des roches qui le constituent proviennent pourtant des zones les plus internes de la chaîne : elles ont ainsi été transportées par "charriage" sur des distances considérables lors des phases de la surrection alpine. Ces roches sont majoritairement calcaires.
L’ensemble naturel décrit, circonscrit par les rives du Léman et la vallée d’Abondance, regroupe les massifs les plus septentrionaux des Alpes françaises.
Il culmine à la Dent d’Oche, aux Cornettes de Bise et au Mont Chauffé, à une altitude un peu inférieure à 2500m.
Il conserve un grand intérêt naturaliste, d’autant que des espaces conséquents sont demeurés vierges de tout équipement important.
De nombreux milieux naturels sont représentés, appartenant aux étages montagnard et subalpin, l’étage alpin n’étant représenté que sur des superficies modestes.
Cette diversité est accrue du fait de situations climatiques particulières et de l’existence de zones humides (tourbières de transition…).
De plus, plusieurs espèces inféodées aux Alpes centrales parviennent ici en limite de leur aire de répartition (versants dominant le lac Léman, Mont Chauffé…) : c’est notamment le cas du Rhododendron hirsute ou de la Sélaginelle de Suisse.
Parmi les plantes remarquables observées ici, on peut citer en altitude l’Androsace de Suisse, l’Androsace pubescente ou l’Orchis nain, dans les tourbières la Laîche des bourbiers, la Pédiculaire des marais, la Scheuchzérie des marais ou le Scirpe de Hudson, ou dans les lacs le rare Potamot à longs pédoncules. Les secteurs secs ou rocheux ne sont pas en reste, avec la Gentiane croisette, la Primevère oreille d’ours, le Genévrier sabine ou le stipe plumeuse.
La faune de montagne est très bien représentée, qu’il s’agisse du Lièvre variable, d’ongulés, d’oiseaux rupicoles (Faucon pèlerin, Hirondelle de rochers, Tichodrome échelette) ou de galliformes.
Un site d’observation majeur pour les migrations d’oiseaux est également connu au Hucel (Thollon les Mémise).
Enfin, le secteur abrite un karst caractéristique des Préalpes du nord. Ce type de karst est caractérisé par l’épaisseur considérable des stratifications calcaires, l’ampleur des phénomènes de dissolution, l’incidence des glaciations quaternaires (calottes glaciaires sommitales, épaisses langues glaciaires)…
Le zonage de type II souligne les multiples interactions existant au sein de ce réseau dont les échantillons les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont retranscrits par plusieurs vastes zones de type I (tourbières, principaux massifs, alpages, lacs…).
Il englobe les zones abiotiques naturelles, permanentes ou transitoires de haute montagne, ou les éboulis instables correspondant à des milieux faiblement perturbés
Il souligne particulièrement les fonctionnalités naturelles liées à la préservation des populations animales ou végétales :
- en tant que zone d’alimentation ou de reproduction pour de multiples espèces, dont celles précédemment citées, ainsi que d’autres exigeant un large domaine vital (Bouquetin des Alpes, Aigle royal…) ;
- à travers les connections multiples existant avec d’autres ensembles naturels du Chablais ou du Valais limitrophe.
Il met enfin en exergue la sensibilité particulière de la faune souterraine, tributaire des réseaux karstiques et très dépendante de la qualité des eaux provenant du bassin versant. La sur-fréquentation des grottes, le vandalisme des concrétions peuvent de plus rendre le milieu inapte à la vie des espèces souterraines. Les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive.
L’ensemble présente par ailleurs un évident intérêt paysager (l’ensemble est cité comme exceptionnel dans l’inventaire régional des paysages).
Cet intérêt est également géologique, phytogéographique et spéléologique.
