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Le paysage de l’Isle Crémieu associe, dans des proportions voisines, surfaces en herbe, cultures, landes et forêts. La région a été fortement affectée par les glaciations qui y ont laissé des traces très nettes : nombreux dépôts morainiques, étangs d’origine glaciaire. En raison d'une inclinaison privilégiée des reliefs vers le sud-est, assurant un ensoleillement important, de nombreuses prairies et pelouses sèches fauchées ou pâturées recèlent d’abondantes stations d’orchidées et de plantes adaptées à une sécheresse remarquables. Ce site associe coteaux abrupts, pelouses sèches, falaises, grottes et forêts thermophiles (en exposition chaude) présentant une importante biodiversité. La Pulsatille rouge pousse dans des milieux chauds et secs. Sa fleur pendante aux corolles pourpre sombre est d’une beauté exceptionnelle. Elle fleurit d'avril à Juin. Une orchidée très menacée peuple également les lieux : c’est l’Orchis à odeur de vanille. Son parfum agréable rappelle celui de la vanille. On la rencontre essentiellement dans les régions méridionales, sur des pelouses maigres ou des endroits pierreux. Le site abrite également une espèce qui semble endémique de l'Isle Crémieu d'après les recherches récentes : Iberis timeroyi Jordan. Le Grand-duc d’Europe est le plus grand rapace nocturne d’Europe avec une envergure de 1,6 à 1,9 m. C’est un oiseau puissant avec un corps massif, des ailes larges et arrondies et une grosse tête surmontée de deux aigrettes. Pendant le jour, il se tient caché sur les rochers grâce à son plumage d’une couleur fauve discrète. Même si ses effectifs sont en augmentation depuis une trentaine d'années, ce rapace reste assez rare puisque l'on estime la population nicheuse inférieure à 1500 couples pour toute la France. Espèce en déclin en Europe, l'Alouette lulu se rencontre dans les terrains ensoleillés et secs, caillouteux, sableux ou calcaires, à végétation rase alternant avec des zones d'herbes basses, et parsemés d'arbres et de buissons. Elle construit un nid à même le sol dans une dépression. Elle est présente en France toute l'année, essentiellement dans le sud-est. Elle émet un chant mélodieux, en phrases flûtées. L'action de l'homme sur le paysage, pour maintenir l'ouverture des zones herbacées, a longtemps été favorable à cet oiseau. Les reboisement résineux sont par contre néfastes à l'espèce, qui est en forte régression depuis les années 50.
