Au cœur de la Ville Nouvelle de l'Isle d'Abeau, l'étang de Saint-Bonnet conserve un fort potentiel écologique. Trois espèces de hérons s'y reproduisent, dont le furtif et rare Blongios nain. Il abrite également encore une population de Cistude d'Europe. Cette torture indigène pond à terre dans les prairies pâturées des alentours. Un suivi des populations d'amphibiens est conduit chaque année. Celles-ci font l'objet d'une protection lors des migrations printanières. Parmi les oiseaux, diverses espèces se reproduisent régulièrement (fauvettes aquatiques et canards). Les étangs Neuf et de Vaugelas sont complémentaires de l'étang de Saint-Bonnet en ce qui concerne le nourrissage des hérons en particulier. Il présentent par ailleurs un bon potentiel piscicole. La pression humaine, à si peu de distance des zones urbaines et la pollution par les eaux de ruissellement sont autant de menaces qui pèsent malgré tout sur ces sites fragiles.