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Le site des Eynauds abrite des colonies de quatre chauves-souris remarquables. Les chauves-souris sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies. Le Vespertilion de Bechstein est aisément reconnaissable par son ventre presque blanc et son dos brun roussâtre ; il se remarque aussi par ses oreilles très longues qui dépassent nettement le museau lorsqu’elles sont rabattues vers l’avant. Le Vespertilion de Daubenton est pou sa part une chauve-souris des rivières, capable de nager et de s'envoler depuis la surface de l'eau. C'est en effet au-dessus de l'eau, au crépuscule, qu'il va chasser les petits insectes comme les moustiques ou les papillons de nuit avant de les manger en volant. Quant au Vespertilion à oreilles échancrées, il affectionne la chaleur et ne dépasse pas les 1000 m d’altitude, préférant les endroits chauds comme les greniers et les grottes. Le Grand Rhinolophe est comme son nom l'indique le plus grand des rhinolophes d’Europe. En hibernation, il s’enveloppe en général totalement dans ses ailes pour conserver sa chaleur. Espèce essentiellement cavernicole, le Grand Rhinolophe se rencontre aussi dans les caves des habitations et les greniers et combles d’églises. Son régime alimentaire se compose essentiellement de gros insectes : hannetons, criquets, papillons de nuit, qu’il dévore à des emplacements réguliers. On rencontre aussi le Grand Murin, l’une des plus grandes chauves-souris française. Il est en régression locale en France, et présent en région Rhône-Alpes dans tous les départements mais rarement en grand nombre.
