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Cette zone humide se développe à l'amont de la retenue formée sur le fleuve Rhône par le barrage de Génissiat. Outre les eaux courantes du fleuve, L'Etournel englobe un secteur d'eaux stagnantes, sous la forme d'un chapelet d'étangs issus des extractions anciennes de granulats dans la zone alluvionnaire. Ce vaste marais présente une mosaïque d'habitats humides. Il est constitué par différentes formations herbacées : "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) à Choin, prairie humide à Molinie bleue, roselière à Phragmite. Une partie du site est également recouverte d'une forêt alluviale d'aulnes et de saules (saulaies à Saule cendré et à Saule blanc, cette dernière étant la plus belle de Haute-Savoie). La zone de battements des eaux de la retenue du Rhône se traduit par la présence de bancs de vases temporairement exposés à l'eau et riches d'une végétation spécifique ; elles est également favorable à certaines espèces animales (oiseaux limicoles...). Enfin, le ruisseau de Couvatannaz, à sa confluence avec le Rhône, forme en rive gauche un micro-delta caillouteux à forte diversité botanique. De cette riche mosaïque d'habitats naturels découle une grande diversité floristique et faunistique. Le marais est riche de plus de cinq cent espèces végétales recensées. Il abrite plusieurs plantes protégées telles que la Renoncule scélérate ou la Laîche pauciflore. Deux ombellifères remarquables sont également présentes : ce sont l'Oenanthe à feuilles de peucédan et l'Oenanthe de Lachenal. Du point de vue faunistique, la grande diversité en libellules (on compte six espèces remarquables) témoigne de la richesse du site. Un papillon, le Grand Nègre ou Moiré sylvicole, est présent en densité exceptionnelle dans un petit "bas-marais" alcalin de la rive droite (qui compte d'ailleurs plusieurs espèces végétales rares). Il convient également de citer la présence du Castor d'Europe et du Cerf élaphe (dont un secteur proche constitue une place majeure de brame en Haute-Savoie). Mais l'Etournel doit principalement sa réputation à une avifaune très riche composées d'espèces nicheuses, de passage ou hivernantes. Associé à l'étendue d'eau libre constituée par une courbure du Rhône, le marais constitue en effet une zone de repos et de nourrissage pour les oiseaux en migration. A ce titre, c'est un secteur majeur pour le Haut-Rhône.
