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Le Crêt au Merle est situé en limite orientale du Parc Naturel Régional du Haut-Jura. Cette zone d’altitude présente des conditions de sécheresse et d’ensoleillement qui ont conduit à l’installation de pelouses sèches ; par endroits, des suintements apportent une humidité favorable à des espèces de prairies humides. Il abrite des espèces végétales très intéressantes. L'Ophioglosse (ou "Langue de serpent") est un véritable fossile vivant. Cette petite fougère est plus fréquente dans les prairies humides. Il est aussi possible de la rencontrer dans des milieux plus secs (pelouses de coteaux calcaires par exemple) dans des régions à forte pluviosité. Son unique feuille est composée d’un limbe ovale et d’un épi de sporanges lui donnant l'aspect d'une langue de serpent. La Spiranthe d’automne est une orchidée tardive fleurissant sur les coteaux secs à la fin de l’été. La tige de l’épi floral torsadée lui a donné son nom. On rencontre aussi la Knautie de Godet dans les groupements humides de hautes herbes en lisière de forêt, la Gesse noire dans les forêts claires, le Mélampyre à crêtes dans les lisières et sur les coteaux secs, et une orchidée, la Platanthère à deux feuilles.
