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La haute chaîne du Jura forme le premier pli anticlinal oriental du massif jurassien. Sur une longueur d’environ quarante kilomètres, le massif, étroit, forme une ligne de crêts regroupant les plus hauts sommets du Jura dont le Crêt de la neige (1718 m) et le Reculet (1717 m). Le massif surplombe le bassin lémanique qui le borde au sud-est et la vallée de la Valserine qui le sépare des hauts plateaux du Jura au nord-ouest. Le site est limité au sud par la cluse du Rhône et au nord par la frontière suisse. Géologiquement, la haute chaîne du Jura est un long pli anticlinal déversé vers l’ouest sur le synclinal de la Valserine, dont l’ossature est essentiellement constituée par les formations du Jurassique supérieur. La zone concernée englobe largement le territoire de la réserve naturelle de la haute chaîne du Jura et comprend la plus haute partie du relief, des pelouses subalpines aux forêts de moyenne montagne. Sur un site aussi étendu, est présente une grande variété de milieux. Ainsi se côtoient forêts d’affinités méridionales, forêts froides, prairies subalpines et formations rupestres, réseau karstique, falaises, éboulis. Le site forme comme un mur surplombant les plaines et vallées environnantes d’où le surnom "Balcon du Leman". Ses versants, escarpés, sont entaillés par une multitude de talwegs creusés par les eaux de ruissellement. Le site se caractérise aussi par un réseau karstique développé où les eaux s’infiltrent rapidement créant ainsi des gouffres et grottes où s’abrite une faune particulière. Le pastoralisme, bien développé sur les prairies subalpines, a dû s’adapter ; la création de "goyas" (dolines imperméabilisées récupérant les eaux de précipitation) pour abreuver le bétail en est la meilleure illustration. Ce site accueille de nombreuses espèces végétales et animales emblématiques et rélictuelles. La flore est d’intérêt majeur. Les forêts de la haute chaîne, traitées pour la grande majorité en futaies jardinées, accueillent une population de Grand Tétras et de Gélinotte des bois. Le Lynx arpente la haute chaîne à la recherche de ses proies alors que le Cerf élaphe et le Chevreuil utilisent en nombre le couvert forestier. Les prairies subalpines accueillent une importante population de Chamois ainsi que des insectes tels que l’Apollon. Les "goyas" forment des îlots humides où peuvent se développer quelques libellules. Les zones rocheuses propices quant à elles à la présence d’espèces nicheuses particulières comme le Merle de roche, le Tichodrome échelette, le Grand-duc d'Europe, l’Aigle Royal ou le Faucon pèlerin.
