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La région du Haut Bugey est un massif calcaire comprenant un important réseau karstique. Les fonds de vallées sont composés d'alluvions argileuses issues du lessivage des versants. Le climat est assez froid, avec près de zéro degré de température moyenne en hiver. Les températures très variables traduisent une influence continentale. Les précipitations élevées et les températures faibles, favorables au développement de tourbières, sont fréquentes sur la chaîne du Jura. Elles font de ce massif une région où les tourbières sont nombreuses. Sous ces conditions géologiques et climatiques, la végétation qui se développe dans la région étudiée appartient à la série de la hêtraie-sapinière. A la faveur de conditions écologiques localisées on peut voir apparaître une flore attachée à d'autres séries de végétation (pinèdes, chênaies, associations hygrophiles). La Grande prairie est l’une des plus importantes stations nationales de Glaïeul des marais, plante protégée inscrite parmi les espèces prioritaires de la flore menacée de France. Sa répartition française se limite en effet à quelques stations en Alsace, dans le Jura et surtout les départements de l'Ain et de la Haute-Savoie. Le Glaïeul des marais est une plante des clairières humides et des coteaux marneux, appréciant les sols temporairement gorgés d'eau. Elle est particulièrement remarquable par ses fleurs roses portées sur une tige haute de dix à trente centimètres. La présence de la Molinie bleue risquerait à long terme, si la fauche était abandonnée, de devenir envahissante. Au printemps, le site est parsemé de liliacées et d’amaryllidacées : Erythrone dent-de-chien, Fritillaire pintade, ou Narcisse.
