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Le lac Genin fait partie d'un ensemble de milieux humides remarquables de basse et moyenne montagne du haut-Bugey. Au nord et au sud du lac se trouvent également deux tourbières : celle des Renons et celle de Malonne. Le lac, situé dans un environnement forestier, conserve quelques secteurs tourbeux très intéressants sur son pourtour. L'impact du piétinement est loin d'être négligeable du fait des nombreuses activités qui s'exercent ici : baignade, pêche, patins à glace, plongée... Parmi les habitats naturels les plus remarquables, la prairie à Molinie bleue sur calcaire possède une richesse botanique exceptionnelle. La moliniaie (pelouse à base de Molinie bleue) est un groupement totalement lié à l'intervention humaine, dépendant d'une fauche régulière. Laissée à l'abandon, elle évoluera vers une mégaphorbiaie (groupement à hautes herbes). Enrichie, elle laissera certainement place à une formation à Reine des prés ou à Populage. Le reste du secteur correspond à un ensemble de "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) alcalins, riches en laîches et en orchidées, formant des pelouses basses généralement de moins de cinquante centimètres de hauteur, de tourbières de transition dans les parties les plus gorgées d'eau, et de communautés à Rhynchospore blanc. Cet habitat est tout à fait exceptionnel par sa rareté et héberge souvent de nombreuses espèces reliques (témoins de périodes climatiques passées). De tels milieux nécessitent des milliers d'années pour se former, si bien que toute altération est souvent irrémédiable. Tous ces habitats sont riches en plantes adaptées à des conditions particulières; ces espèces ne se trouvent pas ailleurs et sont donc fortement menacées (rossolis, …). Sur certains secteurs l'activité humaine est notable, comme en témoigne la moliniaie ou dans une moindre mesure les bas-marais alcalins. D'autres sont parfaitement conservés et particulièrement sensibles. L'ensemble est d'une grande diversité et abrite des dizaines d'espèces végétales menacées.
