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Le Haut-Bugey s’étend entre la cluse de Nantua à Bellegarde au nord et les cluses de l’Albarine et des Hôpitaux au sud. Dans le Haut-Bugey, Dépassant rarement 1000 m d'altitude, composé d'une succession de vaux dans sa partie ouest. Le climat conditionné par le relief, est caractérisé par de fortes précipitations (partout supérieures à 1000 mm/an). De par son caractère karstique, la circulation est avant tout souterraine, d'où les sources sont rares. Le site de la source de la Doye est un petit marais, formé à partir de la résurgence des Neyrolles, et bordé d'une prairie humide et d'une saulaie. Il s'inscrit dans un contexte assez artificialisé ; lors du premier inventaire, ce site était déjà en partie dégradé. Les limites ont donc été revues afin d'en exclure les secteurs dépourvus d'intérêt naturaliste. Les boisements humides sont bien représentés. Une frênaie humide colonise ainsi les abords du ruisseau et une partie du secteur. Ce type de peuplement qui tend souvent à disparaître au profit de plantations de peupliers regorge d'intérêts. On le trouve ici en compagnie d'une aulnaie marécageuse (à Aulne glutineux) dans les zones plus eutrophes. Les zones ouvertes correspondent à une cariçaie (formation végétale dominée par les laîches) de transition, qui forme ici des "tremblants" à Laîche aiguë dont certains sont très larges (plus de vingt mètres). On relève la présence de la Fougère des marais. Enfin, cette tourbière joue un rôle important de halte migratoire. Une impressionnante colonie de Foulque macroule hiverne sur ce secteur. La source de la Doye et son marais conservent donc un grand intérêt biologique, en dépit d'un contexte fortement artificialisé.
