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Le massif du Bas-Bugey (ou « Bugey blanc ») reste, en dépit de la proximité de la vallée du Rhône et de l’agglomération lyonnaise, faiblement peuplé ; il conserve des paysages globalement très bien préservés.
Entre la plaine du Rhône à 250 m d'altitude et le point culminant du massif, pourtant d’altitude modeste (Mollard de Don à 1219 m), il présente un relief accusé qui contribue à de forts contrastes de climat, de pluviométrie et de végétation.
Celle-ci s'échelonne de la série xérophile (c’est à dire adaptée aux situations sèches) du Chêne pubescent jusqu'à celle de la hêtraie-sapinière montagnarde, avec des plantes telles que le Chèvrefeuille bleu. Certaines combes sont occupées par des pâturages à la flore vernale spectaculaire (Erythrone dent de chien…).
Sur les versants les plus chauds dominant la vallée du Rhône, des espèces méditerranéennes (Aspérule taurine, Pistachier térébinthe, fougère Capillaire, Grande Cigale…) parviennent à s’insinuer.
L’intérêt souvent exceptionnel des lacs, marais et tourbières dissimulés dans le massif, notamment vers le sud, mérite d’être particulièrement signalé.
D'autre part, les falaises qui bordent le massif de tous côtés constituent souvent de bons sites de nidification de rapaces.
L’entomofaune est également intéressante, et une espèce au moins est considérée comme spécifique au Bugey (le coléoptère Pterostichus nodicornis).
Enfin, le secteur abrite un karst de type jurassien. Ce type de karst se développe sur un substrat tabulaire ou plissé ; il est caractérisé par l’abondance des dolines, l’existence de vastes « poljé » dans les synclinaux, la formation de cluses, et le développement de vastes réseaux spéléologiques sub-horizontaux
Le peuplement faunistique du karst jurassien est relativement bien connu, et le Bas-Bugey est concerné par certains sites de recherche (réseau spéléologique de Dorvan, comprenant un ensemble de rivières souterraines et de zones noyées considéré comme l’un des plus importants de France en matière de patrimoine faunistique souterrain).
Il apparaît néanmoins moins riche que celui du Vercors en espèces terrestres troglobies (c’est à dire vivant exclusivement dans les cavités souterraines). On y connaît ainsi actuellement trois espèces de coléoptères et sept de collemboles ; certaines espèces (par exemple un coléoptère tréchiné) sont des endémiques dont la répartition est circonscrite au massif jurassien. Par contre, la faune stygobie (c’est à dire vivant dans les eaux souterraines) peut être diversifiée ; on connaît ainsi trois espèces de mollusques aquatiques dans le karst de Dorvan.
Les secteurs présentant le cortège le plus riche en terme d’habitats naturels et d’espèces de faune ou de flore remarquables sont identifiés ici par de très nombreuses ZNIEFF de type I (zones humides dont des tourbières, pelouses sèches, falaises...).
Le zonage de type II souligne tout d’abord les interactions multiples entre ces diverses zones, souvent constituées en véritable réseau (cas des pelouses sèches…).
Il traduit également diverses fonctionnalités naturelles majeures, parmi lesquelles peuvent être citées :
- celle de bassin versant peu perturbé alimentant des réseaux karstiques, ces derniers abritant des populations d’espèces troglobies remarquables. La sur-fréquentation des grottes, le vandalisme des concrétions peuvent de plus rendre le milieu inapte à la vie des espèces souterraines. Les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive ;
- de zone abritant des espèces remarquables exigeant de vastes territoires vitaux (Lynx d’Europe…),
- de zone de passages, d’alimentation et de reproduction pour de nombreuses espèces, notamment parmi les libellules -bien représentés ici-, les oiseaux et la grande faune …),
- en ce qui concerne les zones humides, celles de nature hydraulique (rôle dans l’expansion naturelle des crues, le ralentissement du ruissellement, le soutien naturel d’étiage, l’auto épuration des eaux).
L’intérêt géologique et paléontologique de cet ensemble (avec les carrières de pierre lithographique de Cérin ainsi que la carrière de Villebois citées à l’inventaire des sites géologiques remarquables de la région Rhône-Alpes) est également notable.
