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Le gouffre du Chapitre est un gîte idéal pour les chauves-souris, car abrité du vent et des fréquentations humaines. Ni chauves (car très poilues), ni souris (car possédant une dentition complète d’insectivore), les chauves-souris constituent l’un des groupes de vertébrés les plus remarquables. En effet, elles sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies. Le Vespertilion de Natterer fréquente le gouffre du Chapitre; il est régulièrement présent dans les campagnes cultivées, les bocages et les régions boisées. S’abritant en été dans les arbres creux, les fissures de murs, les greniers ou sous les ponts, il préfère les cavités souterraines ou les caves mieux protégées pour la période d’hivernage. Les chauves-souris sont quasiment toutes menacées sur le territoire français à cause des dérangements, de la disparition de leur gîtes et de l’utilisation massive de pesticides. Pourtant, la sauvegarde de ces animaux apparus il y a environ cinquante millions d’années devrait être une priorité.
