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Le marais de Brétigny se situe au cœur du pays de Gex. Déjà en partie dégradé lors du premier inventaire, l'ensemble du secteur ne semble plus avoir autant d'intérêt botanique. Ainsi, certaines stations de plantes rares ne semblent pas s'être maintenues. Le nouveau périmètre retenu n'est pas pour autant dénué de tout intérêt. En fait, les changements observés dans la composition floristique sont principalement liés à la disparition des milieux humides ouverts. Le marais de Brétigny se compose aujourd'hui d'un ensemble de bois frais à humides, anciens marécages embroussaillés, prairies humides, ruisseaux et divers écoulements. Le secteur est en grande partie boisé. Le Frêne domine les bois frais et se mêle à l'Aulne glutineux dans les endroits les plus humides. Pour la flore la plus remarquable, le Fenouil des chevaux est très abondant dans les prairies humides, tandis que Lunaire vivace colonise les bords du Journan, ruisseau sinueux et puissant. Le Laser de Prusse, espèce protégée en région Rhône-Alpes est présente sur le secteur. En ce qui concerne l'avifaune, le martin-pêcheur est l'espèce la plus remarquable relevée ici. Sa présence est directement inféodée au Journan, Il y pêche et niche dans les berges où il creuse son nid. On remarque aussi la présence du Gros-bec casse-noyaux ou de la Grive litorne. Même si certaines stations botaniques semblent avoir disparues, le marais de Brétigny conserve donc un intérêt faunistique et floristique. Sa préservation prend encore plus d'importance dans le contexte d'urbanisation croissante du pays de Gex.
