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Le massif du Bas-Bugey est connu pour sa richesse écologique, notamment à travers ses zones humides et ses milieux secs. Le mont de Cordon en constitue l'extrémité méridionale. Il est naturellement bordé au sud par le Rhône; le canal le sépare désormais au nord du reste du massif, si bien qu'il forme aujourd'hui une véritable île. Il est intéressant à différents niveaux. La partie sud correspond à une vaste pelouse sèche. Une barre rocheuse s'étend du nord-ouest à l'est, et une petite tourbière est proche de son sommet. La tourbière, petite dépression sur le flanc nord-est du mont, est occupée par une cladiaie. Cet habitat peu commun se caractérise par un peuplement quasi-exclusif de Marisque, plante extrêmement rude au toucher. Elle forme un haut tapis dense et impénétrable. Son implantation nécessite des conditions bien particulières, à savoir un sol très humide mais non asphyxiant, sur substrat calcaire et oligotrophe. En périphérie, on retrouve une très intéressante mosaïque de roselière et saulaie, et une prairie à Molinie bleue, bien plus diversifiée et qui abrite une flore très intéressante (Fougère des marais, Germandrée d'eau…). La faune y est aussi très diversifiée, notamment en ce qui concerne les batraciens (Sonneur à ventre jaune...). Ce marais, bien que de superficie modeste, est bien préservé et particulièrement intéressant, offrant une touche originale dans un environnement de milieux secs. Il s'inscrit dans un ensemble de tourbières essentiellement localisées sur le moitié sud du Bas-Bugey. La falaise abrite depuis plusieurs années un couple de Grand-duc d'Europe. Cette espèce, malgré une reconquête progressive, est encore faiblement représentée en France. Il est particulièrement important de préserver les quelques sites où elle niche. La pelouse sèche représente plus de la moitié de la surface retenue ici. On la trouve sur l'ensemble du versant exposé au sud. Sa flore très riche est caractéristique de ces formations à végétation basse et sèche. Ce sont en particulier des graminées et des légumineuses pour les plus répandues. Mais l’on peut y observer des espèces beaucoup plus rares telles que la Marguerite de la Saint-Michel, composée qui fleurit à la fin de l’été, ou encore l'Orchis à odeur de vanille. Outre cette espèce, plus d'une douzaine d'orchidées se développent sur ces pelouses (Orchis homme pendu, Orchis pyramidal, Orchis brûlé, Ophrys mouche…). Ainsi, le mont de Cordon ne vaut pas que par le panorama qu'il offre (vue sur le Rhône aval, la Chartreuse et le Bas-Bugey). Il s'agit d'un site bien préservé et d'un grand intérêt biologique. Toutefois, les pelouses sèches, tout comme la tourbière, sont menacées par la dynamique naturelle. Les pelouses sèches, depuis l'arrêt de l'exploitation agricole, sont envahies par les prunelliers et le Buis. Sur la tourbière le développement du Marisque peut conduire à un appauvrissement de la biodiversité (espèce envahissante). De même la fermeture des milieux ouverts (d'une grande biodiversité et riches en espèces protégées) par les ligneux sont des menaces sans l'intervention humaine.
