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Le Bugey, situé sur la partie est du département de l'Ain, constitue la partie méridionale du massif du Jura. Les précipitations sont particulièrement abondantes dans cette région puisqu'on relève souvent plus de 1500 mm sur l'année. Le substrat calcaire date du secondaire et a été soulevé au tertiaire, préfigurant les reliefs actuels. Le Marais de Vaux est l'une des plus importantes zones humides du massif du Bugey. Dans un contexte géologique calcaire, il occupe une dépression entourée de forêts montagnardes et de prairies. Il est bordé au nord-ouest par l'étang des Lésines, une des rares grandes étendues d'eau de surface du Bugey. Ce plan d'eau artificiel est particulièrement fréquenté sur ses rives ouest et nord. Il est aménagé comme tel, avec des tables, bancs, aire de jeux, pontons pour la pratique de la pêche… Les autres rives en revanche restent très sauvages. Le marais, d'une surface remarquable, abrite une faune et une flore d'une grande richesse. Il est traversé par le ruisseau des Vuires qui se jette dans le plan d'eau des Lésines. Sur ses berges se dissimulent, parmi la roselière, le Râle d'eau et la Rousserolle effarvate. Le marais est constitué d'un "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) dominé par la Reine de prés. Il est ponctué de petites enclaves plus acides avec le Rossolis à feuilles rondes notamment, ainsi que de prairies humides dans la partie ouest. Celles-ci, au sein desquelles coexistent Molinie bleue et laîches, abritent l'Œillet superbe et la Swertie vivace. Une aulnaie-frênaie, plus commune le long des cours d'eau, est présente sur les secteurs les plus inondés. Très productive, elle possède une diversité botanique intéressante. De nombreuses plantes peu communes sont présentes ici, comme l’Aconit napel, la Fritillaire pintade, la Potentille des marais ou Comaret ... Une partie du marais est pâturée par des chevaux et des bovins. Ce pâturage extensif, implanté depuis plusieurs années, vise à contenir le processus naturel d'enfrichement et à conserver une diversité de milieux. La diversité des milieux marécageux, la présence d'une étendue d'eau, et la grande superficie sont les trois grands atouts du site. Quelques plantes des secteurs les plus tourbeux, et en particulier les linaigrettes, sont les hôtes d'un des papillons les plus menacés en France : le Fadet des tourbières. Le préserver est l'enjeu écologique majeur de ce marais. La conservation de ses habitats permet également de maintenir les plantes les plus remarquables du marais, qui sont toutes des espèces de zones humides. Le second intérêt naturaliste du site est son grand rôle ornithologique. Il est d'abord une étape migratoire et un lieu d'hivernage important pour des espèces comme le Foulque macroule, l'Alouette des champs ou le Bruant des roseaux. Ensuite, l'avifaune nicheuse profite de la superficie et la diversité de milieux du site. Une quinzaine d'espèces de premier intérêt nichent ici. Certaines sont liées au plan d'eau, d'autres aux boisements et zones ouvertes du marais, les autres nichent dans les prairies jouxtant le marais.
