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Le Haut-Bugey s’étend entre la cluse de Nantua à Bellegarde au nord et les cluses de l’Albarine et des Hôpitaux au sud. Dans le Haut-Bugey, Dépassant rarement 1000 m d'altitude, composé d'une succession de vaux dans sa partie ouest. Le climat conditionné par le relief, est caractérisé par de fortes précipitations (partout supérieures à 1000 mm/an). De par son caractère karstique, la circulation est avant tout souterraine, d'où les sources sont rares. Comme dans tout le Jura méridional, l'eau n'est guère présente. La tourbière du Comte appartient à la catégorie des marais tufeux. Ce type de marais correspond à des zones de résurgences d’eaux provenant des massifs karstiques environnants. Les eaux fortement chargées en carbonate de calcium précipitent en arrivant à l’air libre et forment des dépôts de calcaires appelés tufs. Les marais tufeux représentent 4% de la surface des tourbières de la région. Dans la plupart des cas, les tufs sont associés à des "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) alcalins. Ce marais de pente est occupé par des cladiaies (formation végétale dominée par le marisque) et des "bas-marais" à Choin ou à Laîche de Daval. Se développe également une végétation à Marisque. La diversité floristique de ces milieux humides est relativement importante. Citons par exemple le Fenouil des chevaux. L'abandon de la gestion des marais et des milieux humides favorise la prolifération de groupements homogènes à Marisque ou à Phragmite au détriment d'une flore plus diversifiée. Le site est intéressant tant sur le plan de la diversité paysagère qu'il apporte que par la mosaïque d'habitats naturels qui le compose.
