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Le marais en Jarine fait partie d'un ensemble de milieux humides remarquables de basse et moyenne montagne du Bugey. Les tourbières sont très nombreuses dans ce secteur. Ce marais est particulièrement intéressant, pour sa très grande diversité d'habitats naturels comme pour sa superficie importante. Les activités humaines en périphérie du site sont néanmoins importantes. L'est est bordé par une station de pompage qui représente, à terme, un risque d'atterrissement. Au nord, des drains entourent les parcelles pâturées et assèchent la partie la plus au nord du marais. De vastes prairies humides à Populage occupent les parties les plus en contact avec les zones de fauches et de pâtures. Cet habitat est certainement favorisé par l'enrichissement dû à ces pratiques agricoles, dont l'intensification serait néanmoins dommageable. Cet habitat abrite une flore particulière, dont la très menacée Fritillaire pintade. Une grande partie du marais correspond à un bas-marais alcalin à Laîche de Daval, dominé par les cypéracées et particulièrement riche. On y trouve une flore remarquable : Rossolis à feuilles rondes, Ophioglosse (ou "Langue de serpent"). Il est ponctué de groupements appartenant aux tourbières à sphaignes. Cet habitat nécessite pour sa formation un ensemble complexe de conditions édaphiques et climatiques…. ainsi que des milliers d'années. Il est riche en espèces menacées d'extinction. Une dizaine d'espèces menacées est présente ici. Entre les buttes de sphaignes, on retrouve une cariçaie (formation végétale dominée par les laîches) de transition, riche en espèces spécialisées. Certaines parties plus atterries sont occupées par un bois de bouleaux à sphaignes. Le marais en Jarine se révèle particulièrement riche. Sa vaste superficie accueille une flore exceptionnelle et une grande diversité d'habitats. Les nombreuses activités périphériques peuvent, à terme, nuire à l'intégrité du milieu.
