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Le Bugey, situé sur la partie est du département de l'Ain, constitue la partie méridionale du massif du Jura. Les précipitations sont particulièrement abondantes dans cette région puisqu'on relève souvent plus de 1500 mm sur l'année. Le substrat calcaire date du secondaire et a été soulevé au tertiaire, préfigurant les reliefs actuels. Le marais du molard du Frêne se trouve dans un contexte boisé. Le "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) qui le compose occupe une surface réduite par rapport à celle des cariçaies (formation végétale dominée par les laîches). Les prairies humides sont aussi bien présentes. Une saulaie recouvre également quelques secteurs. Ce marais appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont très variés. Ce sont le plus souvent des prairies à forte diversité floristique. Citons, par exemple, la Laîche grêle ou encore le Fenouil des chevaux, plantes relativement répandues dans le département, qui croissent sur le marais du molard du Frêne. Autre plante remarquable, l'Aconit napel arbore ses belles fleurs bleues en forme de casque; cette plante de la famille des renoncules est peu répandue dans le département.
