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La rivière d'Ain, longue de 200 km, prend sa source en Franche-Comté, dans le massif du Jura. Arrivée dans le département de l'Ain, son parcours emprunte encore de profondes gorges avant de s'étendre en plaine, à hauteur de Neuville-sur-Ain, et mélanger ses eaux à celles du Rhône dans le sud du département, un peu en amont de Lyon. La rivière d'Ain n'y traverse pas de grande agglomération mais plusieurs retenues jalonnent son cours au nord du département, comme plus en amont. Dans le département, la région des gorges correspond à la traversée du relief karstique du Revermont par la rivière. Le paysage est remarquable : la rivière d'Ain est bordée par de profondes corniches calcaires riches en grottes et résurgences. Les plateaux sont principalement boisés ou pâturés. On y retrouve tout un cortège floristique typique de la chênaie pubescente, cortège que l'on retrouve sur les pentes les plus exposées. En fond de vallée on retrouve plusieurs zones humides très intéressantes. Le secteur décrit est typique des falaises et milieux secs bordant la rivière dans la zone des gorges. Les barres rocheuses du Merpuis abritent une avifaune nicheuse particulièrement intéressante. Deux couples de Faucon pèlerin nichent sur ces rochers depuis de longues années. Les gorges de l'Ain sont depuis longtemps un lieu privilégié pour cette espèce. Après avoir frôlé la catastrophe dans les années 1950/70, la situation de l'espèce s'améliore peu à peu. Mais si les effectifs remontent, on est encore loin de retrouver ceux des années 1940. La menace des pesticides organochlorés aujourd'hui passée, c'est la dégradation et la perturbation des sites de nidification qui pourraient affecter ce rapace... Ces falaises, sans être de superficie exceptionnelle, sont malgré tout suffisamment grandes pour accueillir un couple de Grand-duc d'Europe, en plus des deux autres rapaces. Les effectifs de ce grand rapace sont en légère hausse à l'échelle nationale, elles témoignent d'un retour progressif de l'oiseau sur d'anciens sites de nidification abandonnés plutôt que d'une extension de son aire de répartition. Le nombre de nicheurs restent malgré tout encore bien faibles, et l'espèce reste sensible. Le département de l'Ain hébergerait une dizaine de couples, la plupart dans le Bugey ou le Bas-Bugey. L'espèce est très peu présente dans les gorges de l'Ain, ce qui renforce encore l'intérêt naturaliste du site de Merpuis. Enfin, un couple de Grand corbeau niche sur les pentes boisées. Les effectifs de ce grand oiseau sont assez mal connus. Les données de nidification ne sont pas fréquentes, et l'espèce semble en léger déclin sur certains secteurs depuis quelques années. Ce site s'inscrit dans l'ensemble particulièrement remarquable que représentent les gorges de l'Ain pour l'avifaune rupestre. Les falaises ne sont pas des milieux menacés, mais leur fréquentation ainsi que celle des crêtes doit demeurer compatible avec la tranquillité des espèces.
