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Le massif du Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, au moins dans sa partie la plus au sud, il reste bien préservé. L'ensemble est particulièrement diversifié. Il offre, avec ses nombreuses falaises, bon nombre de sites favorables à la nidification de certains rapaces. Ce secteur a été retenu pour la nidification d'un couple de Faucon pèlerin, suivie ici depuis de nombreuses années. Après avoir frôlé la catastrophe dans les années 1950/70, la situation de l'espèce s'améliore peu à peu. Mais si les effectifs remontent, on est encore loin de retrouver ceux des années 1940. La menace des pesticides organochlorés aujourd'hui passée, c'est la dégradation et la perturbation des sites de nidification qui pourraient affecter ce rapace. Une part importante des effectifs français de l'espèce niche dans le département de l'Ain. D'autres rapaces nichent également dans ce secteur. C'est le cas du Circaète Jean-le-Blanc. Les plateaux situés au sud sont de vastes terrains de chasse pour cet oiseau. Après avoir très fortement régressé au début du siècle, les effectifs actuels du circaète semblent se stabiliser à l'échelle du pays. Mais on assiste globalement à une augmentation très légère du nombre de couples sur les secteurs favorables, alors que les effectifs semblent continuer à chuter sur les zones où le dérangement reste fort (parapente, exploitations forestières intensives...). Quelques couples de circaète trouvent refuge dans ces territoires qu'il est donc important de conserver.
