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Depuis sa source dans les Vosges jusqu'à sa confluence avec le Rhône à Lyon, la Saône parcourt 480 km. La Saône a globalement une pente très faible, ce qui explique son cours lent, et des inondations fréquentes qui conditionnent le rythme des pratiques agricoles... De ce fait, c'est une grande plaine inondable dont l'état de conservation est plus favorable que celui d'autres site français. La plaine alluviale du val de Saône est une région de prairies et de grande culture : cultures de maïs, blé, colza…Cette forte emprise agricole explique la pauvreté du manteau boisé. Les forêts alluviales dans le val de Saône se sont surtout maintenues sur les îles difficiles d'accès. Elles constituent des refuges pour la faune. Le site considéré ici appartient au système fluvial de la Saône. Il est constitué d'un chapelet d'une douzaine de petits îlots. Des digues basses, aménagées au XIXe siècle et destinées à favoriser le dragage du chenal de la Saône à des fins de navigation, sont à l'origine de ces îlots. Il présente un grand intérêt pour les oiseaux arboricoles, et principalement les hérons qui trouvent là un site propice à leur nidification. L'île de la Motte accueille, en effet, la plus importante colonie de Bihoreau gris du département de l'Ain et de tout le val de Saône. Vingt à trente couples sont régulièrement observés depuis 1981. Ils sont probablement issus de l'ancienne colonie du bois de Maillancé, situé plus au nord. Trois à quatre couples d'Aigrette garzette et un couple de Héron garde-bœufs nichent également. Ce secteur constitue également une excellente zone de frai pour les poissons de la famille de la carpe. La flore, typique des prairies humides et milieux alluviaux du val de Saône, s'y développe. Plusieurs plantes protégées ont été observées, dont la Naïade marine…
