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Le site englobe le cours du Haut-Rhône, du barrage de Savières, en amont, où s’établit la connexion avec le lac du Bourget, jusqu’à sa confluence avec les chutes de Virignin après le défilé de Pierre-Châtel. Il fait office de frontière naturelle entre les départements de l’Ain et de la Savoie. Le programme d'aménagement du Haut-Rhône a donné naissance à un volumineux canal de dérivation. Le Rhône "court-circuité" a conservé trois grandes catégories d'habitats naturels originaux. Le milieu aquatique se compose de zones en eau vive et d’autres en eau "morte" (ce sont les bras du Rhône anciennement connectés au fleuve : les "lônes"). Jusqu'ici pénalisé par la faiblesse des débits réservés (il devrait profiter de leur augmentation, récemment décidée) et la détérioration de la qualité des eaux, il conserve néanmoins quelques reliques qui traduisent des potentialités intéressantes, avec pour symbole un poisson prestigieux : l'Ombre commun. Parmi es oiseaux, il n’est pas rare de rencontrer le Harle bièvre. La population de cet oiseau d’eau est très limitée en France puisqu’elle ne concerne que quelques départements du Centre-Est de la France. Colonisant les départements des pays de Savoie à partir d’une importante population sur le Lac Léman, le Harle bièvre s’installe dans des vieux arbres creux ou des anfractuosités de rochers pour nicher. Le milieu des forêts riveraines ("ripisylve"), comprend les derniers espaces de grands saules en association avec les aulnes et peupliers ("bois tendre") ou évoluant vers la frênaie ou chênaie à ormes ("bois durs"). Habitat dont la protection est jugée prioritaire au niveau européen, la forêt riveraine constituée essentiellement de Frêne et d’Aulne glutineux abrite une diversité végétale très intéressante. Elle assure également au profit du fleuve un rôle de zone tampon filtrant la pollution, et de réservoir de matières organiques pour l’alimentation de la faune. Le milieu des gravières nues (balayées par les crues) comprend des faciès plus ou moins sableux et plus ou moins embroussaillés : c'est un milieu "pionnier" original destiné à être colonisé par les saules arbustifs. Parmi les oiseaux limicoles, le discret Chevalier guignette occupe les gravières et les plages à gros galets reconquis par une végétation pionnière à faible recouvrement avec une préférence pour les cours d’eau possédant encore des variations de niveau d’eau qui rajeunissent les milieux. Menacé par l’aménagement des cours d’eau, la rectification de leurs berges ou la construction de barrages, le Chevalier guignette apparaît quand même comme stable ces dernières années en France. Il partage les gravières avec les bandes de Petit Gravelot. Le canal de dérivation, milieu artificiel alimenté par les eaux du fleuve depuis les récents aménagements hydroélectriques, accueille de nombreux oiseaux migrateurs. Sur les coteaux calcaires ensoleillés qui surplombent le cours d’eau, la Marguerite de la Saint Michel à floraison tardive (fin août à octobre) épanouit ses inflorescences jaunes et violettes. Cette composée est protégée en France. Cette zone alluviale conserve donc des reliques intéressantes d'un très grand ensemble initial continu et cohérent, désormais fragilisées par leur isolement.
